Introducción

Para que una molécula de fármaco sea segura y eficaz, debe unirse a su objetivo biológico con alta afinidad y fidelidad. La mayoría de los fármacos se unen a través de interacciones no covalentes e incluso aquellos que se unen covalentemente deben "reconocer" primero su blanco farmacológico a través de interacciones no covalentes. Por lo tanto, las estructuras de los fármacos están imbuidas de muchas de las mismas características químicas que se encuentran en sus objetivos biológicos, incluidas las regiones hidrófobas, regiones hidrófilas, donantes / aceptores de enlaces de hidrógeno, anillos aromáticos y átomos cargados. Además, dado que la mayoría de los fármacos son sustancias sintéticas, pueden diseñarse para explotar otras interacciones no covalentes que son menos comunes, o incluso ausentes, en las macromoléculas biológicas. En este práctica aplicaremos nuestro conocimeinto sobre las interacciones no covalentes y , para predecir para cada fármaco su potencial de formar dichas interacciones.

a) Interacciones de puentes de hidrógeno

Objetivos

• Obtener y visualizar modelos moleculares tridimensionales de receptores y sus ligandos, utilizando software fácilmente disponible y de libre acceso (open source).

• Diseñar y optimizar la geometría de moléculas orgánicas usando el programa Avogadro.

• Introducir a los estudiantes el uso de códigos que se usan para automatizar las funciones básicas: “scripting”, del programa rasmol.