Syed Hussein Alatas banyak memberi pandangan beliau mengenai keagamaan melalui dua pihak iaitu pihak Kaum melayu dan agama islam itu sendiri.
Teologi Yunani kuno adalah politeistik, berdasarkan anggapan bahawa terdapat banyak tuhan dan dewi, serta pelbagai makhluk ghaib yang lebih rendah daripada pelbagai jenis. Terdapat hierarki dewa, dengan Zeus, raja para dewa, mempunyai tahap kawalan ke atas semua yang lain, walaupun dia tidak mahakuasa.
Melalui penulisan beliau yang bertajuk Kita Dengan Islam: Tumbuh Tiada Berbuah tulisan Syed Hussein Alatas, penulisan ini ditulis atas tujuan untuk melahirkan manusia Islam yang baharu, kerana menurut beliau manusia Islam lama yang masih ada pada hari ini tidak dapat membawa umat kearah kemajuan. Menurut beliau manusia Islam yang baharu ini adalah manusia yang sanggup menerima kemajuan dan pemikiran zaman moden, bagi mereka pintu ijtihad perlu dibuka,
Manusia Islam yang baharu bukan sekadar berteriak akan perlunya kembali kepada Al-Qur’an. hal itu sudah tiada keraguan dan menjadi kewajipan bagi setiap muslim, tetapi mereka dapat menghuraikan bagaimana ia dapat dilakukan sesuai dengan peredaran zaman dan tidak terperangkap pada pendapat-pendapat lampau yang sudah tidak sesuai dengan zaman ini.
Bagi Syed Hussein Alatas apa yang diperlukan oleh masyarakat Islam sekarang adalah menyaring pengaruh-pengaruh Barat dengan teliti dan saksama, bukan menolaknya seratus peratus. Terutamanya dalam bidang ilmu, teknologi, dan pendapat yang berguna untuk masyarakat Islam.
Bagi Plato, Tuhan adalah transenden-makhluk tertinggi dan paling sempurna-dan Dia yang menggunakan bentuk abadi, atau archetypes, untuk membentuk alam semesta yang kekal dan tidak dicipta. Aturan dan tujuan yang dia berikan kepada alam semesta dibatasi oleh ketidaksempurnaan yang wujud dalam material.
. Kita boleh menyimpulkan bahawa Tuhan adalah pengarang hukuman kepada orang jahat kerana hukuman itu memberi manfaat kepada orang jahat. Tuhan, sebagai baik, juga tidak boleh berubah kerana sebarang perubahan akan menjadi lebih buruk.
Selain dari itu, Plato berpendapat bahawa Teisme klasik ditemui dalam bahasa Yunani sejak Plato; dalam Judaisme Philo, Maimonides, dan lain-lain; dalam ortodoksi Kristian amnya, dan dalam Islam seawal al-Kindi. Perbincangan tentang Tuhan dalam teisme klasik telah berpusat pada beberapa sifat khusus. Andaian kerja dari orang Yunani dan seterusnya adalah bahawa Tuhan adalah makhluk yang paling sempurna.
Dalam pemikir yang lebih berorientasikan teologi, anggapan bahawa Tuhan adalah makhluk yang sempurna bukan untuk merumuskan konsep Tuhan tetapi hanya untuk mengisi apa yang diberikan dalam wahyu. Para Reformis, sebagai contoh, sangat bergantung kepada wahyu kerana keyakinan mereka bahawa fikiran manusia digelapkan oleh kerosakan dan oleh itu tidak mencukupi untuk membentuk konsep Tuhan.