Há um caráter interdisciplinar no PEHCM entre as áreas de conhecimentos que compõem o Ensino e História das Ciências e da Matemática, com intuito de estreitar relações entre as mesmas. Após reestruturação (16 de outubro de 2015), o Programa de Pós-Graduação em Ensino e História das Ciências e da Matemática, passou a contar com as seguintes linhas de pesquisa:

Linha 1 - Ensino e Aprendizagem em Ciências e Matemática - EA

Nesta linha inserem-se pesquisas em Educação Científica e Educação Matemática que versam sobre: teorias e modelos de ensino e aprendizagem; metodologias, estratégias e recursos didáticos; currículo; avaliação; políticas educacionais; tecnologias da informação e comunicação; discursos e linguagens; abordagens temáticas e CTSA; perspectivas culturais; divulgação científica e educação em espaços não formais.

Linha 2 - Formação de Professores de Ciências e Matemática - FP

Esta linha de pesquisa compreende investigações sobre políticas, programas, cursos e processos de formação inicial e continuada de professores de Ciências e Matemática em todos os níveis educacionais, com foco no desenvolvimento profissional dos docentes analisando suas concepções, práticas pedagógicas e a construção de seus diversos conhecimentos para o exercício da docência.

Linha 3 - História das Ciências e Matemática e interfaces com a Educação - HC

Esta linha abrange estudos relacionados às temáticas da História e Filosofia das Ciências e da Matemática, suas implicações para o ensino e propostas de aplicação de conteúdos produzidos a partir destes referenciais, a análise das concepções de estudantes e professores sobre a ciência e o fazer científico, e estudos de caráter histórico-discursivo sobre a construção do conhecimento científico e matemático.