右圖為綠螢光蛋白結構，由11條 β 平板結構組成「罐頭」外型，內部有一α 螺旋，中央有由第65，66，67胺基酸組成的發光結構，受到保護，避免外界干擾，已穩定吸收與發出的光波長。不同的螢光蛋白其發光團結構不同，能夠吸收，放出的光波不同，顏色也會不同

2008 年，諾貝爾化學獎頒給日本化學家下村脩（Osamu Shimomura）、美國科學家馬丁‧查爾菲（Martin Chalfie）和美籍華裔科學家錢永健（Roger Y. Tsien）3人，表彰他們「發現和應用了綠色螢光蛋白質」 

這是一種存在於維多利亞多管發光水母的蛋白質，這些水母在受到刺激時便會發光，下村脩先生在其中發現一種蛋白，他在洋下是綠色的，在鎢絲燈下則呈現黃色，而在紫外光照射下會發出綠色螢光。

它的發色團由65至67位的三個氨基酸（Ser-Tyr-Gly）殘基組成，包裹在一個β折疊形成的桶裝結構中。當蛋白質鏈折疊時，這段被深埋在蛋白質內部的氨基酸片段經環化，脫水形成咪唑酮。在分子氧存在的條件下，發色團可進一步發生氧化脫氫，最終形成螢光。

它們需要在氧化狀態下產生螢光，強還原劑或者酸性條件能使它們轉變為非螢光形式，但只要重新暴露在空氣或氧氣中，它們就會立刻恢復發光。它們只需要氧氣作為底物便可以發光，不需要任何外源反應底物，這個特性使這種螢光蛋白在近代生物領域的研究上被廣泛使用。

原理:樣品照射特定波長的光，被螢光團吸收，導致其反射波長更長的光。

在生物學的研究哩，這個技術常常被拿來標定生物分子，而螢光顯微鏡也就更為重要了。

螢光顯微鏡:以水銀燈或氙氣燈為光源，搭配激發濾片、發散濾片

紅色螢光:內質網，與核膜相連，圖中亦可看見細胞核的輪廓

黃色螢光:粒線體，呈現絲狀

藍色螢光:高基氏體，可看出堆疊構造。