La estación se construyó sobre la línea del Ferrocarril Nacional de Tehuantepec. En junio de 1879 se aprobó un contrato con el Sr. Learned el 19 de enero de 1878, y el 6 de noviembre de 1880 se logró fijar el trayecto de la línea férrea. La construcción del ferrocarril se terminó en 15 de octubre de 1894 y fue concluida el 29 de junio de 1894, estableciéndose así una línea férrea que conectaba el Océano Pacífico con el Océano Atlántico. La Estación del Ferrocarril de Salina Cruz fue una pieza fundamental en la historia del desarrollo económico y comercial del sur de México, especialmente debido a la importancia de la línea Transístmica, que conectaba los dos océanos y facilitaba el comercio de mercancías. A pesar de los cambios en los medios de transporte, la estación sigue siendo un importante patrimonio histórico de la ciudad y de la región.
Esta estación es un punto clave dentro del sistema ferroviario que conecta el océano Pacífico con el Golfo de México, convirtiéndola en una pieza clave en la historia del transporte y el comercio en el sur de México con el objetivo de una vía rápida para el transporte de mercancías a través de la Istmo de tehuantepec, aprovechando la posición geográfica del Istmo como un cruce natural entre los dos océanos.
La construcción del ferrocarril comenzó en la década de 1900 bajo la administración del presidente Porfirio Díaz, como parte de una serie de iniciativas para modernizar la infraestructura del país y facilitar el comercio y la exportación. El Ferrocarril Transístmico fue una de las obras más ambiciosas de la época.
Con el paso del tiempo, el transporte ferroviario fue perdiendo relevancia frente a otros medios de transporte, especialmente el transporte por carretera y por avión. Aunque el Ferrocarril Transístmico continuó operando durante gran parte del siglo XX, la estación de Salina Cruz experimentó un gradual declive en su importancia. A pesar de eso, la estación sigue siendo un símbolo del pasado industrial y comercial de la región.
Hoy en día , la estación del ferrocarril sigue siendo una construcción histórica. Aunque ya no cumple la misma función comercial que en su época dorada, se mantiene como un símbolo de la importancia de Salina Cruz en el desarrollo ferroviario de México. En la actualidad, algunos tramos del ferrocarril Transístmico aún están en operación, pero con un enfoque distinto al original, orientado más al transporte de mercancías y menos al tráfico de pasajeros.