Todo comienza hace aproximadamente 11,500 años, cuando llegan llegan los primeros cazadores recolectores en lugares como la cueva Guilá Naquitz donde se han encontrado semillas de cucurbitáceas de 10,000 años de antigüedad y pinturas rupestres, cerca de Mitla en donde encontraron mazorcas de maíz, caracterizado por el desarrollo de aldeas y poblaciones complejas.
En los años 1900 a.C.-100 a.C. (preclásico) se empiezan a desarrollar asentamientos aldeanos complejos, unos de ellos son Tierras Largas y San José Mogote, en donde se cultivaban vegetales y se almacenaban.
Abarcando desde el año 850-400 a.C., es este periodo los tres ramales del valle de Oaxaca: Etla, Tlacolula y Zimatlán se transformaron en los primeros centros urbanos, uno de los más importantes fue San José Magote.
Grupos zapotecas como Yagul, Dainzú, Monte Albán tuvieron contacto con olmecas de la costa del Golfo.
Monte Albán se fundó como centro político zapoteca alrededor de 500 a.C. convirtiéndose en el núcleo demográfico de una confederación de centros urbanos, lo que provocó aumento al comercio, división de trabajo más complejo y la estratificación social.
Caída de Monte Alban y Ascenso de otros centros.
Después de la caída de Monte Alban empezaron a surgir centros políticos por distintos grupos étnicos, tales como Mitla, Zaachila y Huatulco.