Penerbitan dan pengesahan SKPP dilakukan dengan menggunakan aplikasi gaji yang terinterkoneksi, yang terdiri atas Aplikasi GPP/BPP/DPP, aplikasi Gaji Web modul satker dan aplikasi Gaji Web modul KPPN.
Penerbitan SKPP dilakukan oleh KPA, dalam hal terdapat pegawai yang berdasarkan surat keputusan pejabat berwenang:
dipindahkan ke satker pembayar gaji lainnya, atau
berhenti atau diberhentikan sebagai pegawai sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan
Pembayaran gaji pada satker penerima SKPP atau pembayaran hak pegawai yang berhenti atau diberhentikan pada PT Taspen (Persero) atau PT Asabri (Persero) tidak dapat dilaksanakan apabila KPA belum menerbitkan SKPP dan KPPN belum melakukan pengesahan SKPP dan penonaktifan basis data pegawai pada aplikasi gaji modul KPPN.
Dalam penerbitan SKPP, KPA bertanggungjawab atas kebenaran data pegawai yang diterbitkan SKPP, validitas dokumen pendukung SKPP, dan penyelesaian kewajiban pagawai kepada negara sebelum diterbitkannya SKPP.