Considerando um desenho participativo, a Incubadora se propõe a atuar de forma colaborativa mediante assessoramento de dois conselhos, sendo eles:
Conselho Incubadora-Universidades - composto pela coordenação da incubadora, coordenação do INCT e docentes de universidades brasileiras e estrangeiras parceiras dos projetos desenvolvidos,
Conselho Incubadora-Sociedade - formado por representantes de movimentos sociais e do governo nas esferas federal, estadual e municipal, que estejam à frente ações voltadas às mulheres.
Ambos os conselhos se reúnem anualmente com a coordenação da incubadora para discutir relatórios, produtos e resultados.
A montagem dos Conselhos se pauta pela garantia da diversidade étnico-racial, paridade de gênero e internacionalização Sul-Sul. Cabem às(aos) membras(os) dos Conselhos, como instâncias consultivas, as seguintes atribuições:
1) Participar das reuniões anuais para apreciação dos resultados e proposição de encaminhamentos a serem avaliados pela coordenação;
2) Participar de editais de fomento submetidos pela coordenação e/ou associadas da Incubadora (previamente enviados para apreciação, análise e avaliação de possível adesão);
3)Ministrar aulas em atividade formativa (curso voltado a estudantes quilombolas, com possibilidade de inclusão de estudantes estrangeiros vinculados a programas de pós-graduação);
4) Participar como convidadas(os) em simpósios científicos organizados pela Incubadora e
5) Propor convênios e outras formas de colaboração entre universidades para apreciação da coordenação.
Os critérios de adesão de novos integrantes do Conselho Incubadora-Universidade são: a) Título de doutor(a); b) Vínculo como docente efetiva/o de instituições de ensino superior consolidadas ou em consolidação em países da África, Caribe e América Latina; e b) no caso de pesquisadoras de instituições europeias e norte-americanas consolidadas, histórico de colaboração científica com a América Latina.
A colaboração de universidades consolidadas, como a Universidade do Porto e Cunny University, ao lado de universidades africanas e haitianas é fundamental para a redução de assimetrias na produção de conhecimento científico.