草蝦的核心育種中心有現代化育種設施包括種蝦催熟室、藻類培育室、產卵/孵化室、幼苗培育區、種蝦育成區、餌料生物區及檢驗實驗區等功能區域，並建立各功能區域的操作標準化流程。每區的管理以及操在模式皆不盡相同，過程中會面臨各式的困難與瓶頸，需要有豐富的知。這些資源如上本中心開發並整合的40多項技術，使我們有可能每年在核心育種中心成功保有約30個SPF草蝦家族。

將蝦從幼蟲培養到成熟是項的艱鉅任務，但幸運的是，我們擁有一個具有高度生物安全性的室內封閉水循環系統(下圖)，這使我們能夠實現這一目標。我們建立室內的水循環系統，並使蝦苗於一年內養成至成蝦體型，接著建立種蝦生殖及幼苗孵化各項科學化標準化流程，水流方式、水體交換比例、光照週期、溫度控制、營養需求等各種養殖參數，依照草蝦各生長期的需求進行調整，並分別設置各生長期獨立空間及搭配獨立之供水、排水系統以避免交叉感染，換句話說育種中心是採最高水準的生物保全(biosecurity) 措施。

基因體與疾病控制實驗室，位於海洋生物轉譯大樓的基因實驗室，各種蝦品系遺傳特性觀察室、病原體耐受性測試室及世界動物衛生組織任命的兩種蝦類疾病(蝦白點症及急性肝胰腺壞死症)參考實驗室。實驗室是經過ISO17025認證，實驗設備以研究人員皆可勝任基因體及遺傳分析。

這實驗室非常活躍及國際化，常被委任執行世界動物衛生組織的前瞻計畫：例如2020起擔任 “Collection and Evaluation of Existing Test Method for Acute hepatopancreatic necrosis disease (AHPND)”的project leader，並定時以視訊會議向會員國報告進。也因長期積極參與國際養殖甲殼類(以蝦為主) 的防疫工作，發表的相關文章具學術性(參考發表論文)，提供第一手致病原特性、疾病致病機制及防疫策略，所有表現受國際肯定，也因而獲世界動物衛生組織頒2020 OIE傑出貢獻獎。同時也獲選為漁業學門終身科學影響力及2020年度科學影響力「全球前2%頂尖科學家」。