SMAIT Abu Bakar Boarding School Kulon Progo berada dalam naungan Yayasan Pendidikan Islam Abu Bakar, yang merupakan bagian dari Konsorsium Yayasan Mulia.
Konsorsium Yayasan Mulia terdiri dari:
1. TKIT Mu’adz Bin Jabal 1 Kotagede
2. TKIT Mu’adz Bin Jabal 2 Ketandan
3. TKIT Yasmin Mu’adz Bin Jabal 3 Sleman
4. TKIT Mu’adz Bin Jabal 4 Keparakan
5. TKIT Kendarti Mu’adz Bin Jabal 5 Berbah
6. TKIT Mu’adz Bin Jabal 6 Pandak
7. TKIT Mu’adz Bin Jabal 7 Pakem
8. SDIT Luqman Al-Hakim Yogyakarta
9. SDIT Luqman Al-Hakim Sleman
10. SDIT Luqman Al-Hakim 2 Yogyakarta
11. SMPIT Abu Bakar Yogyakarta
12. SMPIT Abu Bakar Fullday School Miliran
13. SMAIT Abu Bakar Yogyakarta
14. SMAIT Abu Bakar Boarding School Kulon Progo
15. Universitas Islam Mulia Yogyakarta
Ketua Konsorsium Yayasan Mulia
Dr. Muhaimin, S.H., M.Kn.
Ketua Badan Pengurus Harian (BPH) Konsorsium Yayasan Mulia
Dr. Akhsanul Fuadi, S.Ag., M.Pd.I.
Ketua Yayasan Pendidikan Islam Abu Bakar
Drs. Eri Masruri
SMAIT Abu Bakar Boarding School Kulon Progo telah terdaftar sebagai anggota Jaringan Sekolah Islam Terpadu (JSIT). JSIT adalah organisasi yang beranggotakan Sekolah Islam Terpadu dari seluruh Indonesia.