https://doi.org/10.3390/molecules27248944Yokoi Y, Kawabuchi Y, Zulmajdi AA, et al. Cell-Penetrating Peptide–Peptide Nucleic Acid Conjugates as a Tool for Protein Functional Elucidation in the Native BacteriumMolecules 2022, 27(24), 8944.
https://doi.org/10.1073/pnas.1904889117Bissaro B, Streit B, Isaksen I, et al. Molecular mechanism of the chitinolytic peroxygenase reaction. Proc Natl Acad Sci U S A. 2020 Jan 21;117(3):1504-1513.
Streptomyces属菌由来のペプチドグリカンを分解するLPMO (2022/07/11)
Streptomyces属はグラム陽性菌であり、真正細菌ではめずらしく胞子・菌糸を形成しながら生育する。これまでの研究で、Streptomyces属菌はペプチドグリカン層の外側に細胞外多糖を蓄積し、それらが菌糸や、液体培養時の凝集体(ペレット)の形成に不可欠であることが分かっていた。この細胞外多糖の合成は細胞内にあるCellulose-like glycan合成酵素CslAによって行われていることが分かっていたが、ペプチドグリカン層の外部に輸送する方法は分かっていなかった。この論文では、Streptomyces coelicolorのCellulose-like glycan合成酵素CslA遺伝子のすぐ上流に存在するLPMO遺伝子(LpmP; Sc LPMO10E)がCellulose-like glycanなどの多糖のペプチドグリカン層外部への輸送を担っていることを示した。また、LpmPはペプチドグリカンに対して結合性と分解性を示したことから、LpmPがペプチドグリカンを分解することで、ペプチドグリカンに輸送経路を作り出すモデルが提唱された。 https://journals.asm.org/doi/10.1128/mbio.00456-22?url_ver=Z39.88-2003&rfr_id=ori:rid:crossref.org&rfr_dat=cr_pub%20%200pubmedZhong X, Zhang L, van Wezel GP, et al.Role for a Lytic Polysaccharide Monooxygenase in Cell Wall Remodeling in Streptomyces coelicolor. mBio. 2022 Apr 26;13(2):e0045622.
(※)卵菌は身の回りにも存在し、水カビがその例。 https://doi.org/10.1126/science.abj1342Sabbadin F, Urresti S, Henrissat B, et al.Secreted pectin monooxygenases drive plant infection by pathogenic oomycetes. Science. 2021 Aug 13;373(6556):774-779.
乳酸菌の再分類に関する論文 (2021/10/15)
Lactobacillus属には2020年3月現在、261種が存在しているが、その特徴は多岐に渡っている。この論文ではLactobacillaceae科、Leuconostocaceae科に属する乳酸菌のゲノム解析により再分類した。Lactobacillaceae科の中ではLactobacillus 属、Paralactobacillus 属に加え、Lacticaseibacillus属、Lactiplantibacillus属などの新種を開設した。また、Leuconostocaceae科では、Leuconostoc 属、Fructobacillus 属を含めてLactobacillaceae科に統合することを提案している。 有名な乳酸菌の例Lactobacillus delbrueckii → Lactobacillus delbrueckii Lactobacillus casei → Lacticaseibacillus caseiLactobacillus plantarum → Lactiplantibacillus plantarum https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijsem.0.004107heng J, Wittouck S, Salvetti E, et al.A taxonomic note on the genus Lactobacillus: Description of 23 novel genera, emended description of the genus Lactobacillus Beijerinck 1901, and union of Lactobacillaceae and Leuconostocaceae. Int J Syst Evol Microbiol. 2020 Apr; 70(4): 2782–2858.
糖質結合モジュールの再分類を検討するReview (2021/09/09)
糖質結合モジュール( Carbohydrate-Binding Module : CBM )は、糖質認識様式としてTypeA、B、Cの３種類に分類する方法が知られている。この論文では、側鎖で修飾されたより複雑は構造の多糖を認識するCBMについて、Type Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳに分類することを提唱した。 https://link.springer.com/article/10.1186/s40643-021-00381-7Liu, J., Sun, D., Zhu, J. et al.Carbohydrate-binding modules targeting branched polysaccharides: overcoming side-chain recalcitrance in a non-catalytic approach.Bioresour. Bioprocess. 8, 28 (2021). https://doi.org/10.1186/s40643-021-00381-7
Paenibacillus属についてのReview (2021/08/4)
Paenibacillus属はFirmicutes門に属する低 GC含量のグラム陽性菌の桿菌。「Paeni」とは「ほとんど ( almost )」、「ほぼ ( nearly )」の意で、属名としては「ほぼBaccilus属の」となる。植物成長促進効果や、糖質分解機能を持つ。当研究室では、Paenibacillus属のセルロース系バイオマス分解機構の研究を行なっている。 https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0603-7Grady, E.N., MacDonald, J., Liu, L. et al.Current knowledge and perspectives of Paenibacillus: a review. Microb Cell Fact15, 203 (2016). https://doi.org/10.1186/s12934-016-0603-7