実験・解析に便利なツール

研究でよく使うツールをまとめた本当の備忘録

論文検索関連

・PubMed ー 論文の検索 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov

・Journals referenced in the NCBI Databases ージャーナル名検索 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nlmcatalog/journals/

シークエンス・アライメント関連

・BLAST ー 塩基配列の相同性検索 https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

・Multiple Sequence Alignment by CLUSTALW https://www.genome.jp/tools-bin/clustalw

・MAFFT ー https://mafft.cbrc.jp/alignment/server/

・Espript 3.0 ー 2次構造解析 https://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi

タンパク質の解析関係

・Alpha Fold 2 ー タンパク質の構造解析 https://colab.research.google.com/github/sokrypton/ColabFold/blob/main/AlphaFold2.ipynb

・CB-Dock 2 ー タンパク質とリガンドのドッキング解析 https://cadd.labshare.cn/cb-dock2/php/index.php

・SignalP-5.0 ー シグナルペプチドの予測 https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?SignalP-5.0

・NCBI Conserved Domain Search ー 保存ドメインの解析 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi?RID=3TDHE3F1013&mode=all

・Pub Chem ー 化学物質のデータベース https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

糖質関連酵素関連

・Cazy ー 糖質関連酵素の国際データベース http://www.cazy.org

・dbCAN2 ー 糖質関連酵素のアノテーション https://bcb.unl.edu/dbCAN2/index.php

・Dali server ー PDB構造からのアノテーション http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/dali/

Pymolの使い方

・Pymolを使ってみよう http://biokids.org/?PyMOL%A4%F2%BB%C8%A4%C3%A4%C6%A4%DF%A4%E8%A4%A6

・Pymol Tutorial https://yoshitakamo.github.io/pymol-book/index.html

・Pymolの使い方 http://www.protein.osaka-u.ac.jp/rcsfp/supracryst/suzuki/jpxtal/Katsutani/index.php

・PyMOL (PDB viewer) マニュアル https://www.iqb.u-tokyo.ac.jp/chem/IMCB-8ken-HP/Lab_Manuals/entori/2010/7/23_PyMOL_(PDB_viewer)_manyuaru.html

その他

・分子生物学研究用ツール集 ー http://www.yk.rim.or.jp/~aisoai/tool-j.html

・塩基配列・アミノ酸数のカウント・分子量計算 ー http://www.gen-info.osaka-u.ac.jp/~uhmin/study/gc_content/index.html

・大文字-小文字変換 ー https://www.calc-site.com/letters/convert_case

・試料濃度計算 ー https://www.imtakt.com/jp/Support/Tools/SampleSolnMain.php