Setelah pembuahan ganda, embrio dan endosperm mulai berkembang bersama dengan jaringan lain, seperti dinding bakal buah yang menjadi buah. Contohnya, pada tanaman Capsella bursa-pastoris, zigot membelah menjadi dua yaitu sel basal (ke arah mikropil) dan sel terminal (ke arah tengah embrio). Sel basal membantu menempelkan embrio, sementara sel terminal membentuk embrio dan nantinya akar.
Embrio berkembang melalui beberapa tahapan dari struktur 4 sel (tetrad), 8 sel (oktant), hingga bentuk jantung, yang menandakan perkembangan keping biji (cotyledon). Batang muda tumbuh di antara keping biji dan bagian bawahnya disebut hipokotil, yang terhubung dengan akar.
Sementara itu, endosperm terbentuk untuk menyuplai nutrisi bagi embrio. Ketika bakal biji berkembang, jaringan nuselus mengecil dan hilang saat biji matang. Integumen berubah menjadi kulit biji, dan biji tetap terhubung dengan induk melalui plasenta, yang menyuplai air dan nutrisi. Beberapa makanan disimpan sebagai cadangan, terutama di endosperm pada biji serealia dan biji jarak, atau di keping biji seperti pada kacang-kacangan.
Perkembangan embrio melambat setelah terbentuk, dan biji mengering. Akhirnya, biji terlepas dari induk dan mengalami masa dorman dengan aktivitas rendah, siap untuk tumbuh ketika kondisi lingkungan mendukung.