Los protocolos facultativos son instrumentos que extienden los derechos que no fueron considerados en la convención y que se van modificando conforme a las necesidades históricas. Los protocolos consideran temas que, si bien están en la convención, no tienen la claridad necesaria para hacer efectivos los derechos de niñas, niños y adolescentes. La Asamblea General de las Naciones Unidas ha aprobado 3 protocolos facultativos, en 2000 aprobó dos Protocolos que refuerzan la protección de la infancia contra su participación en los conflictos armados y la explotación sexual. El 19 de diciembre de 2011 la Asamblea aprobó el Protocolo facultativo relativo a un procedimiento de comunicaciones

El Protocolo facultativo relativo a la participación de los niños en los conflictos armados establece los 18 años como la edad mínima para el reclutamiento obligatorio y exige a los Estados que hagan todo lo posible para evitar que individuos menores de 18 años participen directamente en las hostilidades.

El Protocolo facultativo relativo a la venta de niños, la prostitución infantil y la utilización de los niños en la pornografía llama especialmente la atención hacia la criminalización de estas graves violaciones de los derechos de la infancia y hace hincapié en la importancia que tiene fomentar una mayor concienciación pública y cooperación internacional en las actividades para combatirlas.

El 19 de diciembre de 2011, la Asamblea general de Naciones Unidas aprobó el tercer Protocolo facultativo relativo a un procedimiento de comunicaciones establece que los niños, niñas y adolescentes pueden presentar denuncias sobre violaciones específicas de sus derechos en virtud de la Convención y sus dos protocolos. El protocolo entró en vigor en abril de 2014.