Pada awalnya, ASiS terdiri daripada 3 buah Sekolah Berasrama Penuh (SBP) di Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur & merupakan antara 6 buah SBP yang hanya menerima pelajar lelaki sahaja di Malaysia. Sekolah ini hanya menawarkan aliran Sains Tulen bagi pelajar Tingkatan 4 & Tingkatan 5 sahaja.
Pada awalnya, tapak tersebut merupakan tapak asal Sekolah Alam Shah (kini Sekolah Sultan Alam Shah) sebelum berpindah ke Putrajaya pada 26 April 2003. Kemudian, tapak tersebut diberikan kepada ASiS.
Lokasi kampus ASiS sangat kondusif daripada segi peranannya sebagai sebuah institusi pendidikan putera yang berkembang maju seiring dengan arus modenisasi kota metropolitan.
Hal ini kerana kedudukannya yang terletak di tengah-tengah bandaraya Kuala Lumpur di atas tapak seluas 34 hektar yang mengandungi 3 blok bangunan sekolah & pentadbiran, 4 blok asrama, dewan makan, apartmen guru, apartmen staf sokongan, sebuah banglo pengetua, 3 banglo penolong kanan & 3 banglo ketua bidang.
ASiS mula menerima pelajar sulung seramai 84 orang dalam tingkatan 4 pada 16 Jun 2003 dimana pemilihan pelajar adalah berdasarkan pencapaian cemerlang dalam peperiksaan Penilaian Menengah Rendah (PMR). Batch pertama ASiS, P[I]ONEER, telah menduduki peperiksaan Sijil Pelajaran Malaysia (SPM) pada tahun 2004 dengan calon seramai 83 orang.
Sekolah ini telah dibangunkan oleh 4 orang pentadbir serta 11 orang guru-guru perintis yang mula berkhidmat pada 16 Jun 2003 & telah bertungkus-lumus menggembeleng tenaga & keringat bagi memastikan ASiS dapat melaksanakan proses Pengajaran & Pembelajaran (PdP) walaupun dalam serba kekurangan.
Senarai Guru Perintis ASiS:
TUAN HJ. MOHD IDRUS BIN ABDUL HAMID
EN. RAZMI BIN ABDUL RAZAK
EN. AHMAD SHAFRIN BIN ABDUL AZIZ
EN. RIJALUDIN BIN CHE MAT
PN. NORZILA BINTI ALI MUSA
PN. MAIZILIATUL AZWA BINTI TAMMIZI
PN. NOR AZURA BINTI AHMAD SHAH
PN. TITIYAKA BINTI JAJURI
PN. ROHAYA BINTI BAKAR
PN. NORHANA BINTI MOHD YUSOF
EN. GHANI BIN SALLEH
EN. FARIHAN BIN ALI HUSIN
CIK AINIL SHARRIDA BINTI ZAKARIA
CIK SURAINI BINTI SULAIMAN
Guru lapisan ke-2 mula melaporkan diri pada 16 September 2003 iaitu seramai 12 orang guru serta penambahan staf sokongan seramai 14 orang termasuk dua pemandu pada hari yang sama. Kehadiran guru-guru ini menambah bilangan ahli keluarga ASiS yang sedia ada.
Dari tahun 2003 hingga 2018, pemilihan pelajar adalah berdasarkan pencapaian cemerlang pelajar dalam peperiksaan Penilaian Menengah Rendah (PMR) & Pentaksiran Tingkatan 3 (PT3) dari seluruh negara. Pada ketika itu, ASiS hanya menawarkan pelajaran untuk pelajar-pelajar Tingkatan 4 & 5.
Akan tetapi, ASiS telah mula melakukan pengambilan pelajar-pelajar Tingkatan 1 pada tahun 2016. Pada tahun 2018 pula, barisan pelajar ASiS telah lengkap dari Tingkatan 1 sehinggalah Tingkatan 5 & juga merupakan tahun pertama peperiksaan PT3 dijalankan di ASiS.
Kini, warga ASiS semakin bertambah selepas itu. Guru ASiS telah bertambah dengan jumlah seramai 53 orang, manakala staf sokongan pula seramai 19 orang. Bilangan pelajar pula mencecah 600 orang setiap tahun.
Sejak daripada awal lagi juga, ASiS telah mengukir pelbagai kejayaan sehingga bukan sahaja dikenali di peringkat kebangsaan malah di peringkat antarabangsa.