螢光染色細胞團後，使用trypsin將細胞的胞外基質和junction溶解，使細胞團變成單一顆分離的細胞。流式細胞分選儀利用流體力學聚焦（Hydrodanamic focusing）和聲波駐波聚焦，製造單一細胞流，依序通過分析槽的雷射，產生螢光反應。這些光訊號經過光電倍增管的放大後被偵測，轉為電訊號，即可分析細胞的各種特性。

而後的細胞分選則是使用高壓電震盪讓細胞流變成小水珠，水珠攜帶細胞；當水珠中攜帶的是欲分選的細胞時，設定瞬間通電讓水珠帶電。最後，在分流管前設置電板，讓帶電的水珠偏折，不帶電的水珠則直接落下，細胞由是分流。

然而，並非所有的細胞都能通過分選儀，太小的細胞不易偵測，而太大的細胞容易卡住分選儀的內管。

共軛焦顯微鏡與一般顯微鏡最大的不同除了是倒立顯微鏡以外，便是在共焦面多了一層針孔板，擋去焦面以外的光線，去除其他焦面的干擾，影像不會模糊。另外，使用這項技術，幫細胞在不同高度連續拍照，經過軟體校正後，就可以得到細胞的3D模型。

現今在光學基礎上，與計算機結合，還發展出了SIM（structure illumination microscopy）和STED（Stimulated Emission Depletion）等技術，能夠大幅增加解析度，為細胞學研究的一大利器。

NHRI裡的DNA定序法主要還是以傳統定序法為主，在純化的DNA template中加入primer，染色並進行cycle sequencing，酒精沉澱後上機，進行毛細電泳。

另外，國衛院還有提供檢測重複序列的服務，比對親子染色體裡，intron內的重複序列，可以做為親子鑑定之用。