La nueva situación política y social propició que el colegio pasara a ser autónomo.
Estaba gestionado por la asociación de padres de alumnos (APA), cuyo órgano directivo estaba formado por el presidente y la junta. Había un director, que en los primeros tiempo fue el padre Zubia, y posteriormente fue Sebastián Irastorza (ver página de los directores). Gran parte de la gestión del día a día la llevaban a cabo los profesores, con el gran apoyo de la secretaria Pilar.
Éste es un documento de la APA, de 1981, firmado por el presidente Agustín Echave Aizpurua (enviado por Esti García, en nombre de su padre Jesús García, presidente de la APA en el curso '91-'92). Hace referencia a las gestiones de cesión por parte del Ayuntamiento del "parvulario de Arritokieta" (parvulario de las escuelas nacionales) al colegio San Pedro, que utilizó este edificio para los cursos de 5º y 6º de EGB.
El modelo de enseñanza del colegio San Pedro estaba determinado por su pequeño tamaño, con sólo una clase (de 20-25 alumnos) por curso. El trato con los profesores era cotidiano y familiar, y permitía la organización de muchas actividades en las que los alumnos tomaban parte (ver por ejemplo "las excursiones" y "otras actividades").
Los años bajo la dirección de Sebastián Irastorza se caracterizaron por un aumento creciente de estas actividades y de los servicios ofrecidos por el colegio. Estas características aparecen en el folleto de propaganda del colegio distribuido en el curso '91-'92, (fotos enviadas por Esti García)
La iniciativa del folleto fue de los profesores y en su elaboración participaron los alumnos de los cursos más altos. A pesar de estos y otros esfuerzos por atraer nuevas matriculaciones, el colegio no alcanzaba a cumplir con los criterios del Gobierno Vasco, y cerró sus puertas definitivamente en junio de 1992. El último evento del colegio fue la fiesta de fin de curso, que en lugar de Oikina se celebró en el propio colegio, ver al final de la página "fiesta en Oikina".
El cierre del colegio fue un momento duro para todos los que formaron parte del San Pedro, y en particular para los alumnos y profesores en el colegio en aquel momento. Estas páginas son un cálido homenaje y agradecimiento a todo ese esfuerzo y esa entrega, y un recuerdo de que sin duda merecieron la pena.