A APA Marinha do Litoral Sul (APAMLS), foi criada em 08 de outubro de 2008, pelo Decreto Estadual nº 53.527. Gerida pela Fundação Florestal, protege cerca de 368 mil hectares, indo da faixa da maré mais alta, até os 25 metros de profundidade no Litoral Sul do Estado de São Paulo, abrangendo os Municípios de Iguape, Ilha Comprida e Cananeia.
Juntamente com as APA Marinha do Litoral Centro e APA Marinha do Litoral Norte, integra o Mosaico das Ilhas e Áreas Marinhas Protegidas do Litoral Paulista, que protegem quase metade do litoral do Estado.
O Litoral Sul constitui uma área com características distintas em relação aos outros litorais do Estado. As escarpas da Serra do Mar, afastadas da linha de costa, dão origem a extensas planícies litorâneas intercaladas por maciços isolados. Nas vastas planícies, há uma ampla área estuarino-lagunar que é barrada por linhas de cordões arenosos e antigas restingas.
No seu limite, há duas Áreas de Manejo Especial, localizadas no Município de Cananeia, a Ilha do Bom Abrigo e a Ilha da Figueira do Sul, que tem como finalidade proteger a biodiversidade, combatendo às atividades predatórias, controlando a poluição e garantindo a sustentação da produtividade pesqueira na região.
Apesar da beleza exuberante e de serem divulgados roteiros turísticos para a Ilha do Bom Abrigo, a cessão do território é da Marinha do Brasil, que não permite o desembarque para fins turísticos, com exceção para casos de abrigo para salvaguarda de navegação e à vida humana. Além disso, a pesca de qualquer modalidade (incluindo pesca amadora/esportiva) é proibida até um raio de 300 metros ao redor da ilha, sendo a prática considerada crime ambiental.
Há ainda outras duas ilhas no território da APAMLS, a Ilha do Castilho e a Ilha do Cambriú, que pertencem à Estação Ecológica dos Tupiniquins, Unidade de Conservação Federal de Proteção Integral, onde é proibida a visitação pública, exceto com objetivo educacional ou de acordo com o que dispõe o Plano de Manejo da unidade.
No interior da APAMLS, também encontram-se submersos o Parcel do Una e a Laje dos Moleques.
Ficam assegurados na APAMLS o uso e a prática da pesquisa científica; manejo sustentado dos recursos marinhos; pesca necessária à garantia de vida das comunidades tradicionais; moradia e extrativismo necessário à subsistência familiar; ecoturismo, mergulho e demais formas de turismo marítimo; educação ambiental relacionada à conservação da biodiversidade; atividades náuticas de esporte e lazer e pesca, desde que em harmonia com a proteção do ambiente marinho e a liberdade de navegação.
Além disso, a gestão da APAMLS é compartilha com a Área de Relevante Interesse Ecológico do Guará (ARIEG), que está localizada no Município de Ilha Comprida e busca proteger áreas de manguezais, estuário e as aves migratórias que se utilizam das ricas condições dessa região.
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