A CT Planejamento e Gestão trabalha com as temáticas relacionadas a gestão da Unidade de Conservação, como por exemplo análise de licenciamento ambiental, elaboração e implantação do plano de manejo, projetos de controle de poluição, questões relacionadas ao ordenamento do turismo na Ilha do Bom Abrigo e ações de educação ambiental e comunicação social.

Os principais trabalhos realizados incluíram:

• Participação nas Audiências Públicas e análises de EIA/RIMA em processos de licenciamento de Petróleo e Gás, à exemplo das Etapas 1, 2 e 3 do Polo Pré-sal, com elaboração de manifestações técnicas e Deliberações do Conselho Gestor que resultaram em diversas condicionantes que estão sendo desenvolvidas no território e com usuários da UC (2010; 2014; 2018);

• Elaboração de proposta de ordenamento dos usos na Ilha do Bom Abrigo, com estudos de Capacidade de Suporte e discussões sobre o convênio entre Prefeitura de Cananeia e Marinha do Brasil (2017-atual);

• Contribuições para elaboração dos TdRs, análise e contribuições aos documentos técnicos e participação em reuniões e oficinas para elaboração do Plano de Manejo da APAMLS (2010-2018);

• Apoio na realização das atividades do Projeto "Lixo na Rede – APAMLS: Controle de resíduos sólidos capturados em redes de pesca" (2010).

• Ações de incentivo ao turismo de observação / turismo sustentável / base comunitária (Atual).