A Ilha do Bom Abrigo está inserida no território da APA Marinha do Litoral Sul, que é gerida pela Fundação Florestal, sendo considerada Área de Manejo Especial para a proteção da biodiversidade, combate de atividades predatórias, controle da poluição e sustentação da produtividade pesqueira (Decreto Estadual nº 53.527 de 08 de outubro de 2008). Entretanto, a Marinha do Brasil/Ministério da Defesa detêm a cessão do território e não permite usos para fins turísticos, conforme previsto no Código Penal Militar, que restringe o acesso público em área com administração militar.
Além disso, a pesca de qualquer modalidade (incluindo pesca amadora/esportiva) é proibida até um raio de 300 metros ao redor da ilha (Portaria SUDEPE nº 04-N de 12 de março de 1987), sendo a prática considerada crime ambiental (Lei nº 9.605 de 12 de fevereiro de 1998). Deste modo, embora estejam sendo divulgados roteiros turísticos para a Ilha do Bom Abrigo, a prática não é recomendável, visto que a Marinha do Brasil não permite o acesso no momento, com exceção para casos de abrigo para salvaguarda de navegação e à vida humana.
Atualmente, existem tratativas para o ordenamento do uso público na parte terrestre da Ilha do Bom Abrigo pela Marinha, órgãos ambientais responsáveis pela gestão da Ilha e prefeitura de Cananeia, porém o processo ainda não está finalizado e enquanto não houver qualquer publicação oficial da marinha, o turismo na porção terrestre é considerado uma atividade irregular.
Em caso de dúvidas entrar em contato com a gestão da APAMLS pelo endereço Rua Vladimir Besnard, s/n, Morro São João, Cananeia - SP, ou pelo e-mail apamarinhals@fflorestal.sp.gov.br