A CT Pesca pode ajudar a criar regras para o território da APA Marinha do Litoral Sul (APAMLS) ou a negociar ajustes em normas feitas por outros órgãos, relacionadas a pesca amadora ou pesca profissional artesanal e industrial.
Os órgão que criam as normas pesqueiras, podem ser federais como o Ministério do Meio Ambiente (MMA), a Secretaria Especial de Aquicultura e Pesca (SEAP), o IBAMA e o ICMBio, ou estaduais como a Secretaria do Meio Ambiente (SMA) e a Fundação Florestal (FF).
Os principais trabalhos realizados incluíram:
Proibição da pesca de Parelhas na APAMLS (2009);
Ordenamento da pesca de Emalhe na APAMLS (2009 -2016);
Ordenamento de Pesca de Arrasto (2013 – atual);
Ordenamento de Pesca de Traineiras (2013 – atual);
Diagnóstico da Pesca Amadora (2014);
Proposta de ajuste norma federal do emalhe motorizado na 1ª milha náutica (2015-2016);
Elaboração do Plano de Recuperação do Bagre (2015-2016);
Solicitação ao MAPA para a regularização dos RGPs (2016);
Proposta de alterações na norma da pesca da Tainha (2016-2017);
Ordenamento da pesca amadora (2017-atual);
Articulação para trazer o Cursos da Marinha para POP (2017 e 2018);
Divulgação de Normas e Legislação pesqueira (Constante);
Encaminhamento de declarações de estoque ao IBAMA (Constante)
Em 2014, com a publicação da Lista Nacional de Peixes e Invertebrados Ameaçados de Extinção, a pesca do bagre-branco (Genidens barbus) ficou proibida em todo o território nacional. No entanto, Área de Proteção Ambiental Marinha do Litoral Sul (APAMLS) e a APA Federal Cananeia-Iguape-Peruíbe (APACIP), no âmbito das Câmaras Temáticas de Pesca, reuniram dados técnicos que apontaram para a estabilidade da população da espécie no Estado de São Paulo, sem qualquer sinal de declínio ou ameaça, ao passo que sua proibição prejudicaria milhares de pescadores artesanais que dependiam desse recurso.
Depois de mais de três anos de trabalho conjunto entre as Unidades de Conservação, a pesca ordenada do bagre-branco foi liberada nos estados de São Paulo e Paraná, conforme o Plano de Recuperação Nacional dos Bagres Marinhos, resultando na publicação da Portaria MMA nº 127, no dia 30 de abril de 2018. A Portaria, assegura a atividade de mais de três mil pescadores artesanais dos estados de São Paulo e Paraná que têm o bagre-branco como uma das principais fontes de renda.
Os documentos técnicos enviados ao Ministério do Meio Ambiente para subsidiar a formulação da portaria foram baseados nos dados do monitoramento pesqueiro realizado pelo Instituto de Pesca/Secretaria de Agricultura e Abastecimento do Estado de São Paulo. O estudo também contou com o apoio de representantes das Colônias de Pescadores de Cananeia, Iguape e Peruíbe, Unesp Registro e Instituto Biodiversidade Austral.