...questa ipotesi che le due scomparse fossero collegate tra di loro, iniziò a circolare quando Papa Giovanni Paolo II emana un altro appello per dare sostegno e conforto ad entrambe le famiglie. L’8 Settembre la famiglia Gregori riceve una lettera da parte del presunto rapitore di Emanuela Orlandi, (il rapitore delle telefonate iniziali), in cui chiedeva ai parenti di Mirella di andare da Sandro Pertini, (Presidente della Repubblica in carica a quel tempo), e richiedere la scarcerazione di Ali Ağca, e continuò dicendo che solo se avessero fatto ciò Mirella sarebbe stata liberata. Ovviamente il Presidente Pertini rilasciò un’intervista, ma non scarcerò dalla prigione Ali Ağca. Allora il rapitore telefonò alla famiglia Gregori per comunicare che Mirella era deceduta e che la famiglia avrebbe ricevuto il corpo in futuro. Le due famiglie iniziarono a pensare che il presunto rapitore non avesse rapito le due ragazze e anche che le due scomparse non fossero collegate tra loro. Dopo 14 anni, il 19 Dicembre 1997, la prima indagine sul caso Orlandi venne archiviata. Di Emanuela non si seppe più nulla , fino a quando nel 2005, durante una puntata di “Chi l’ha visto”, arrivò una telefonata anonima in diretta, in cui un uomo suggeriva controllare chi fosse sepolto nella cripta della Basilica di sant’Apollinare.

 Allora gli inquirenti raccolsero la segnalazione e scoprirono che lì era sepolto Enrico De Pedis, boss mafioso appartenente ad un’organizzazione criminale romana. Allora iniziano nuove indagini, e si nota che il Vaticano è la sfera intorno alla quale girano le indagini. Inoltre L’associazione criminale “Ndrangheta” aveva depositato 130 miliardi di Lire nella banca vaticana IOR, ma questi soldi furono persi, allora, secondo un’ipotesi, quest’organizzazione avrebbe ucciso i rapitori di Emanuela e si sarebbe portata con sé la ragazza, e solo in questo modo avrebbe potuto ricattare il Vaticano cercando di recuperare i soldi persi. Il 22 Giugno 2005, la famiglia affigge nuovamente i volantini con il volto della ragazza in suo ricordo. Proprio quel giorno arriva al fratello Pietro una telefonata da un suo amico, in cui gli comunicava di ascoltare le dichiarazioni di Sabrina Minardi, amante del boss mafioso Enrico De Pedis, in cui lei racconta che Emanuela era stata consegnata ad Enrico De Pedis e lui l’aveva portata a casa sua, e in quei giorni l’arcivescovo Paul Marcinkus, nonchè uno degli amministratori della banca IOR, avrebbe fatto visita molteplici volte al boss, ed avrebbe anche avuto più volte rapporti sessuali con Emanuela Orlandi. Inoltre secondo le testimonianze della signora Minardi sarebbe stato proprio l’arcivescovo ad ordinare il rapimento della ragazza e che a prelevare la quindicenne di persona fosse stato l’autista del boss, lui che era già stato imprigionato e disse che non aveva nulla a che fare con De Pedis e la scomparsa di Emanuela. Inoltre Sabrina Minardi racconta che un giorno Enrico De Pedis buttò dei grandi sacchi, contenenti il corpo della ragazza, in una betoniera. A causa dei cambiamenti di versione della Minardi gli agenti decidono che lei non fosse una fonte attendibile e proseguono su un’altra pista. Nel Luglio 2010 viene dato il consenso per analizzare la tomba del mafioso De Pedis; perciò nel 2012 viene aperta la bara, e viene ritrovata soltanto la salma del boss, non c’era alcuna traccia del DNA di Emanuela Orlandi. Nel Maggio 2012, il procuratore del caso Orlandi decide di andare a cercare degli approfondimenti nel Vaticano, poiché in ogni indagine il Vaticano era sempre presente; e gli dicono alcuni nomi di persone che hanno fatto parte della scomparsa di Emanuela, ma dicono anche che non possono andare oltre, ma questa sorta di trattativa non avviene mai perché tolgono il carico dell’inchiesta a questo procuratore, però ciò dimostra che qualcuno in Vaticano conosceva la verità sul caso Orlandi.

 Allora in assenza di altre indagini, il 6 Maggio 2012 il caso viene nuovamente archiviato. In verità gli agenti vogliono seguire un’altra pista e il Vaticano è sempre presente, infatti Emanuela avrebbe confidato ad una amica di scuola che un giorno mentre si trovava ai Giardini Vaticani sarebbe stata importunata da un uomo eclessiastico e che ci aveva provato con lei. Dopo molti anni il cardinale Silvio Oddi rilascia informazioni e dice che, il giorno della scomparsa, la ragazza era rientrata in Vaticano e dopo sarebbe uscita in macchina con un monsignore per andare ad un festino massonico. In quei giorni Pietro si ricordò della telefonata del presunto rapitore nel Luglio 1983, dove si sentiva una ragazza urlare ed implorare aiuto e 3 uomini che le ordinavano di stare zitta, e allora lui riascoltò il nastro contenente quella chiamata, ma notò che era stato modificato come se fosse solamente una registrazione di un atto sessuale, cosa che si addice perfettamente a quest’ultima indagine, si volevano svolgere indagini più approfondite, ma la Santa Sede rifiutò stranamente, anzi negò di avere nemmeno un fascicolo sul caso Orlandi. Il fratello Pietro afferma che lui in persona aveva visto questo fascicolo sul caso Orlandi, quindi era una cosa impossibile che il Vaticano non avesse nulla. Il 18 Settembre 2017 viene scassinata una cassaforte del Vaticano e all’interno c’erano dei documenti riservati, tra cui 5 fogli che parlavano di Emanuela Orlandi, nello specifico “alcune spese da parte del Vaticano per l’allontanamento domiciliare della cittadina Emanuela Orlandi”. Questo documento era datato 1997, quindi il Vaticano avrebbe mantenuto la ragazza per tutti quegli anni, ma questo documento viene immediatamente dichiarato falso perché erano presenti errori gravi. Le ultime spese su questo documento erano datate 1997 e la spesa finale era intitolata “rimpatrio generale e pratiche finali” e la spesa ammontava a 21 milioni di Lire, quindi sembrano spese per una sepoltura. Nel 2018 l’avvocato della famiglia Orlandi riceve una lettera anonima in cui era presente la fotografia di una statua di un angelo con lo sguardo rivolto verso il basso e una lettera con scritto “Se vuoi sapere dove si trova il corpo di Emanuela Orlandi, dovete cercare là dove guarda l’angelo”. Allora gli agenti si recano al Cimitero Teutonico, che si trova in Vaticano, e fanno richiesta di aprire le due tombe che erano osservate dallo sguardo dell’angelo della foto. La richiesta viene approvata, e l’11 Luglio queste tombe, appartenenti a due principesse vengono riaperte, ed entrambe le tombe erano vuote. Allora gli agenti decidono di continuare a scavare e riescono a trovare due botole contenenti 26 sacchi di ossa umane, di più corpi umani, secondo le stime circa dieci. 

Stranamente queste ossa non vengono mai analizzate, poiché il Vaticano si rifiuta di analizzarle e disse che se la famiglia avesse voluto farle analizzare le avrebbe fatte analizzare a spese proprie. La famiglia non riuscì a far analizzare le ossa, perché si trattava di una spesa ingente. Ancora oggi non si sa a chi appartengano quelle ossa e non si sa che fine abbia fatto Emanuela e il suo caso come quello di Mirella Gregori è rimasto ancora avvolto nel mistero.