慈山寺的建築理念力求延續中國佛寺建築傳統，借監盛唐建築風格結合現代科技與創意，兼具傳統特色與現代功能之弘法道場，拓清幽道場，凈化人心。慈山寺分三個區域，中間是「主佛殿區」，左邊是「僧寮」和右邊是「觀音像區」。慈山寺中央入口是「四大部洲」，第一度門是「山門」象徵「慈悲，智慧，方便」，兩側有青銅金剛力士，進入山門是廣濶的庭院「歡喜地」，彌勒殿兩側右側為鐘樓，左側為鼓樓，清晨先敲鐘後擊鼓，晚上相反之，所以有「晨鐘暮鼓」之說。彌勒殿中間供奉「天冠彌勒」佛。

觀音聖像前有一條筆直大道名「慈悲道」，兩側種有十八棵古羅漢松，像前方有一個青銅製的水盆叫「千處應」。

慈山寺最壯觀的是素白色的觀音聖像，由青銅合金鑄造高70米，三層青銅蓮台，總高76米(大概為25層樓)，造型追模宋式，法相慈悲莊嚴，頭頂髮髻中有阿彌陀佛像(每尊觀音像都有)，寓意無量法力庇祐眾生，此户外青銅合金觀音聖像列為全球第二高，觀音聖像座北向南與大嶼山的天壇大佛遥遥相對。

位於觀音聖像下層，也是目前香港唯一一家以佛教藝術為展覽的主題博物館及學術研究基地，興建博物館是希望從藝術角度推廣佛教教育。