簡要經歷 

國立中興大學 分子生物學研究所 助理教授 2020/08-迄今

日本國立研究開發法人 產業技術總合研究所 生物プロセス研究部門 招聘客員研究員 2019/10-迄今

國立成功大學 熱帶植物與微生物科學所 客座助理教授 2019/08-2020/07

日本國立大學法人 埼玉大學 理工學研究科 グリーン・環境領域 助理教授 2014/04-2019/07

日本國立大學法人 埼玉大學 理學部 分子生物學科 助理教授 2014/04-2019/07

日本國立研究開發法人 產業技術總合研究所 生物プロセス研究部門 招聘協力研究員 2014/04-2019/09

獨立行政法人產業技術總合研究所 生物プロセス研究部門 日本學術振興會 外國人特別研究員 2012/06-2014/03

獨立行政法人產業技術總合研究所 生物プロセス研究部門 客員研究員 2011/05-2012/05

中央研究院 農業生物科技研究中心 博士後研究學者 2006/10-2010/12

國立成功大學 生命科學系 博士後研究員 2006/05-2006/07

國立台南大學 通識教育中心 兼任講師 2006/02-2006/07

樹徳科技大學 通識教育學院 兼任講師 2003/08-2004/07

研究方向 

主要研究主題為植物體內養分恆定的分子機制以及蘭科植物的基因體與功能性基因體。此外，也以環境基因體學(Metagenomics)策略，篩選對經濟作物生長有益之微生物， 以及功能性分析植物基因組中與生物性及非生性逆境(biotic and abiotic stress)抗性相關之轉錄因子。

一、植物體內養分恆定之分子機制研究

此部分研究著重於探討植物體內養分恆定的轉錄調控機制，主要採用以下四大策略進行：(一)以嵌合抑制子基因靜默技術(Chimeric REpressor Gene-Silencing Technology; CRES-T)針對阿拉伯芥及水稻全基因組轉錄因子， 所建構之基因靜默轉植株之種子庫進行試驗，篩選對營養缺乏(nutrient starvation)具耐受性或高敏感性之CRES-T轉殖株，並分析目標轉殖株所對應之轉錄因子的功能。 (二)藉由化學遺傳學(Chemical Genetics)策略，篩選可以促進或抑制營養缺乏誘導性反應(nutrient starvation responses)之化合物，並以篩選所得之化合物，處理CRES-T種子庫，挑選對目標化合物具反應之CRES-T轉殖株， 以進一步解析目標化合物所促進或抑制之轉錄調控途徑。(三)以次世代定序技術進行轉錄組分析(RNA-seq)，藉由比較野生型及轉錄因子CRES-T轉殖株之轉錄組差異，以解析目標轉錄因子所調控之下游途徑及基因。 (四)以高效率及高通量酵母菌單雜合及雙雜合系統(Yeast one-hybrid and two-hybrid system)，分別研究營養缺乏反應性基因(nutrient starvation-responsive genes)上游之轉錄因子， 或與目標轉錄因子形成同源二聚體(homodimer)或異源二聚體(heterodimer)之轉錄因子。

由於轉錄因子同時調控許多基因表現或生理反應，於功能性研究上，普遍發現轉錄因子具有功能冗餘性(functional redundancy)，以避免轉錄因子突變時對生物體造成重大危害。因此，轉錄因子的單一基因突變體通常不具明顯的外表型， 必須將具有功能冗餘性的轉錄因子同時突變，如産生二重或多重基因突變體(double or multiple knockout mutant)，才可觀察到外表型的變化，並確認轉錄因子的功能。本研究室採用嵌合抑制子基因靜默技術(CRES-T)研究轉錄因子的功能， 只需針對單一目標轉錄因子基因進行操作，即可造成多重突變的效果。嵌合抑制子基因靜默技術的原理為將於植物轉錄因子發現的轉錄抑制區(superman repression domain X; SRDX)加在目標轉錄因子cDNA序列的C端， 再經由花椰菜嵌紋病毒啓動子(CaMV 35S promoter)進行大量表現。當含有SRDX的目標轉錄因子被大量表現(35S:目標轉錄因子:SRDX)，並結合到下游基因的啓動子區域時，會使下游基因的表現受到抑制， 並導致其他具相似功能的轉錄因子無法活化該群下游基因，而造成多重突變體的效果(Hiratsu et al., 2003, Plant J 34: 733-739)。因此，嵌合抑制子基因靜默技術是有效且快速研究轉錄因子功能的重要工具。

酵母菌單雜合與雙雜合系統，被廣泛應用於探討轉錄因子與啟動子(單雜合)或蛋白質與蛋白質(雙雜合)間的交互作用。以單雜合試驗為例，當進行大規模篩選時，傳統方法採用whole cDNA library作為靶蛋白(prey)， 目標啟動子的順式因子序列(cis-element)作為誘餌(bait)，以釣取和目標啟動子結合的靶蛋白(轉錄因子)。此試驗由於whole cDNA library中有90%以上的基因非轉錄因子，容易造成大量偽訊號，即所釣取的靶蛋白不是轉錄因子。 為了改善此缺點，本研究室以水稻(單子葉)及阿拉伯芥(雙子葉)全基因組的轉錄因子cDNA取代whole cDNA library，可有效降低偽訊號並顯著提升靈敏度(Mitsuda et al. 2010)。此外，由於改良型系統靈敏度提高，無須先分析順式因子的序列及位置， 即可直接採用全長啟動子序列進行篩選，可大幅提升試驗的有效性及便利性。此改良型酵母菌雜合系統可搭配機械手臂進行，以達到高通量篩選的目標。

二、蘭科植物之基因體與功能性基因體研究

本研究室主持人於日本就職期間，組織來自於日本不同大學及國家級研究所的團隊，參與國際蘭科植物基因體計畫。2016年發表第一個藥用蘭科植物鐵皮石斛之基因組於”Scientific Reports”期刊， 此基因組之發表除可供與小蘭嶼蝴蝶蘭基因組(第一個完成定序之蘭花基因組)進行比較，以了解蘭科最大亞科(樹蘭亞科)物種之演化外，最主要貢獻為找出參與調控藥用多醣生合成途徑之相關基因， 對未來中藥開發具有相當貢獻。蘭科植物之擬蘭亞科只包含兩個屬，其中之擬蘭屬最早從蘭科中分支出去，雖具備一些蘭花家族的特徵，但在形態上顯得較為原始，被認為是所有蘭科植物的共同祖先，因此，本團隊再次參與國際合作解序擬蘭基因組， 提供現生蘭花最近共同祖先的基因體資訊，讓蘭科植物的起源與演化之謎得以被探究，該基因組被發表於頂尖國際期刊”Nature”。

蘭科植物共分為五個亞科，目前只有樹蘭亞科及擬蘭亞科的基因組被定序，因此，本研究團隊以解序其他三個蘭亞科基因體為目標，希望對蘭科植物演化有更深入的了解，並期待未來應用於蘭花新品種的開發，目前已有數個其他蘭亞科的基因組完成定序及分析中。 由於蘭科植物種子發育不完全，胚乳只具幾個細胞，在自然條件下無法自行發芽，需透過與菌根真菌共生提供種子萌發所需之養分及水分才可以發芽，可見蘭科植物與真菌共生關係之重要性。甚至，蘭科植物演化出不具光合作用能力， 生長完全依賴真菌提供養分之完全真菌異營性(fully mycoheterotrophic)物種，因此，探究真菌異營性蘭花物種基因組亦為重點研究方向之一。

蘭科植物基因組的解序，雖對後續的蘭花基因功能研究具有重大貢獻，然而，蘭花功能性基因體研究的進展仍然緩慢，主要肇因於蘭花基因轉殖系統。蘭科植物生長緩慢，幼年期較長，通常從轉殖到開花需要花費2年以上時間，因而， 嚴重限制蘭花基因功能分析的發展。目前，經常採用的變通研究方法，為利用病毒載體將雙股RNA傳送到蘭科植物體內，藉由靜默目標基因來了解其功能(VIGS)，或者將蘭花的基因穩定轉殖到其他模式植物中過量表現。然而，蘭科植物具有許多獨特的性狀或構造， 在其他模式植物研究其基因功能並不是很恰當，因此，建立相對快速且穩定的蘭花基因轉殖系統仍為必要工作。在成功開發之前，為加速功能性基因體的研究，有必要尋找其他替代研究方式。本研究室希望結合CRES-T、高效率酵母菌雜合系統及VIGS等技術， 優先探討蘭花轉錄因子之功能及其調控途徑。

榮譽 

The Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) Fellowship, 2012.06-2014.06

AIST Visiting Researcher Fellowship, 2011.05-2012.05

Academia Sinica Postdoctoral Fellowship, 2009.01-2010.12

Academia Sinica Postdoctoral Fellowship, 2007.01-2008.12

The member of the Phi Tau Phi Scholastic Honor Society, 2006

The Best Poster Award: Symposium on Frontiers of Plant Science, Taiwan, 2009

The Best Poster Award: the 8th Annual ABRC Poster Competition, Taiwan, 2008

The Poster Award: the 24rd Annual Meeting of the Botanical Society, Taiwan, 2003

授課課程 

1. 分子生物學(大學部)

2. 高等分子生物學(研究所)

3. 分子生物學技術

4. 植物基因調控

5. 植物基因轉殖新知探討

6. 專題討論

7. 文獻研討

8. 生命的動力與延續