Kirjanduse põhjalikumal läbitöötamisel ja analüüsimisel peaksid jooksvalt tegema märkmeid ja lühikokkuvõtteid (annotatsioone).
Need võivad sisaldada näiteks huvitavaid mõtteavaldusi, tsitaate, definitsioone, probleemiarendusi vms uuritava teema või probleemi kohta.
Märkmetega materjalid võiks omakorda klassifitseerida vastavalt teemadele ja alateemadele - nii on hiljem parem ülevaade, millisesse osasse või peatükki on infot juurde vaja, või kus on seda juba piisavalt. Kindlasti ei tohi ära unustada kõikide märkmete juurde koheselt ka viidete lisamist (autor, teose pealkiri, lk), et täpne koht algmaterjalist vajadusel kiiresti üles leida.
Materjalide süstematiseerimisel võib kasutada spetsiaalseid tarkvaratööriistu, nagu näiteks viidete haldustarkvarad Mendeley, Zotero, EndNote jne. Need tarkvarad aitavad materjalide organiseerimisel ja tsiteerimisel. Ka suuremates andmebaasides otsinguid tehes ning materjale valides on võimalik sealsete artiklite ja teoste viite-kirjed saata ülalmainitud programmidesse.
Kogu kasutatav kirjandus peab olema usaldatav, kvaliteetne ja mitmekülgne ning vaatlema uurimisprobleemi erinevate nurkade alt. Materjalide kättesaadavuse kasvuga, eriti veebimaterjalide üha suureneva rohkuse ja vabalt avaldatavuse tõttu on väga oluline teada, kuidas informatsiooni hinnata, et leida usaldusväärseid ja kõrge kvaliteediga materjale, mida saaks kasutada uurimistöös. Sellest lähemalt järgmises punktis.