อย่างไรก็ตาม หลังจากเสด็จกลับพระนครเพียง 5 วัน พระองค์ประสบกับไข้มาลาเรียและเสียชีวิตในวันที่ 1 ตุลาคม ปีเดียวกัน พื้นที่หว้ากอจึงถูกลืมเลือนไปจนกระทั่งมีการค้นพบหลักฐานทางโบราณคดีที่แสดงถึงการสังเกตการณ์ของนักดาราศาสตร์ชาวฝรั่งเศสในบริเวณใกล้เคียง ซึ่งเป็นข้อพิสูจน์ถึงเหตุการณ์สำคัญในประวัติศาสตร์

ต่อมา ทางกรมศิลปากรได้ขึ้นทะเบียนพื้นที่เป็นโบราณสถานแห่งชาติในปี พ.ศ. 2523 และในรัชกาลที่ 9 ได้มีการจัดตั้ง “อุทยานวิทยาศาสตร์พระจอมเกล้า ณ หว้ากอ จังหวัดประจวบคีรีขันธ์” ขึ้นเพื่ออนุรักษ์ความทรงจำและส่งเสริมการเรียนรู้ทางวิทยาศาสตร์ ภายในอุทยานมีพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำ หอดูดาว นิทรรศการทางดาราศาสตร์และอวกาศ รวมถึงชายหาดยาวประมาณ 2.5 กิโลเมตร ที่แม้จะไม่เหมาะสำหรับลงเล่นน้ำแต่สามารถนั่งพักผ่อนได้ พร้อมทั้งมีกิจกรรมต่าง ๆ ตลอดทั้งปี อาทิ การแสดงโชว์นางเงือก ดูดาว และกิจกรรมค่ายวิทยาศาสตร์ เพื่อรำลึกถึงพระราชกรณียกิจและพระอัจฉริยภาพของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว และกำหนดให้วันที่ 18 สิงหาคมเป็น “วันวิทยาศาสตร์แห่งชาติ”