La funcionalidad de un ecosistema se refiere a un flujo normal y autorregulado de materia y energía. En el ecosistema humedal – marisma Lagares -, dicha funcionalidad viene determinada por:
La biodiversidad es un factor importante para el correcto funcionamiento de los ecosistemas. Podemos afirmar que en aquellos en los que conviven más especies, se proporcionan más servicios y funcionan mejor. Los estudios que hay al respecto de este humedal registran una amplia biodiversidad.
PNE (producción neta del ecosistema). Se basa en la diferencia entre la energía aportada al ecosistema por el nivel primario a través de la fotosíntesis y la consumida y disipada por los consumidores a través de la respiración.
PNE=0. La cantidad de energía aportada por los productores es similar a la consumida y disipada por los consumidores.
PNE>0. Hablamos de un ecosistema en vías de desarrollo.
PNE<0. La materia producida por fotosíntesis es menor a la consumida y disipada por la respiración.
El reciclado de los nutrientes, cuanto mayor sea, con mayor funcionalidad estará actuando el ecosistema ya que los recursos disponibles serán aprovechados por un mayor número de especies.
Retención y descomposición de la materia orgánica por parte de los "descomponedores". Dichos organismos son los encargados de devolver al medio la materia orgánica en forma de materia inorgánica para que pueda ser nuevamente reutilizada. Sin ellos, llegaría un momento en el que se agotaran los recursos.
En los sistemas acuáticos, el biofilm se clasifica dependiendo del sustrato sobre el cual yace. Si se forma sobre plantas se denomina perifiton, si es sobre arena es episammon, si es sobre limos o arcillas es epipelon, etc... El perifiton colabora a la degradación de metales pesados como el mercurio, además de esto necesita de nitrógeno, carbono y fósforo para su supervivencia, con el fin de mejor la calidad del agua Ph y ayudando a descontaminar muchos problemas de las aguas superficiales.