Aviat l'edifici de l'església es va veure modificat al seu interior i ampliat amb altres dependències annexes.
Destaca primerament la construcció d'un vestíbul adossat al costat de migdia. Presenta la mateixa longitud de l'església i defineix un àmbit d'uns 3,2 m. d'amplada, llevat de la zona on coincideix amb la cambra lateral sud, on redueix l'amplada a uns 2m.
La construcció està definida per un mur longitudinal, paral·lel al mur lateral de l'església, amb una obertura d'accés davant la porta de l'església i amb una amplada de pas lleugerament superior, i dos murs perpendiculars que el tanquen pels extrems, si bé sembla que deixen un pas practicable a cada un d'uns 70 a 75 cm. d'amplada aproximadament.
La tècnica constructiva d'aquest mur presenta característiques clarament diferenciades de les que hem vist a l'església. Se sustenta sobre una fonamentació amb banqueta, amb una amplada lleugerament superior a la del mur, que es projecta per la cara exterior del mur i no conserva una alineació sempre coincident amb aquesta. El material utilitzat és el gres roig de la zona, de forma majoritària, formant carreus de mida força similar i de tall més regular que no pas a l'obra de l'església. Coincidint amb l'embocadura de la porta de l'església presenta indicis d'un pilar a cada banda, perceptible per la inflexió de la fonamentació en un cas, i per un carreu vertical en l'altre.
L'interior del vestíbul i potser l'espai exterior immediat presenten un paviment d'opus signinum, situat a una cota lleugerament superior que el primer paviment de l'església, que també s'estén cap al seu interior, en la seva totalitat. Aquest canvi comportarà la desaparició de l'estructura del contracor, que és arrasada just a la cota de base del nou paviment, i la transformació de l'altar i de la zona immediata davant el santuarium. En aquest punt es defineix un espai quadrangular tancat que correspon al cor i pel que sembla accessible des del costat nord a través d'una porta. Per les restes trobades en una UE, la III.3006 que acumula materials clarament provinents d'una reforma posterior de l'interior de l'església, podem pensar que existia un cancell format sinó totalment, al menys parcialment, per elements de marbre. El marbre és procedent de Luni-Carrara, d'acord amb les anàlisis practicades, coincidint amb les peces trobades a l'altar que després comentarem. En aquest mateix rebliment s'ha trobat una creu de ferro conservada íntegrament, però amb la superfície i els extrems molt alterats a causa del procés d'oxidació, malgrat els dos processos de restauració de que ha estat objecte. Es tracta d'una creu de tipus grec, de braços d'igual longitud (30 x 30 cm), de 2,3 cm. d'amplada mitja, eixamplats lleugerament als extrems (3,5cm.), on s'aprecia una perforació central. En la que correspon al braç muntant, que conserva el clau d'enllaç, es veia encara en el moment de la troballa una anella de suspensió de 3,3 cm. de diàmetre. No deixa de ser rellevant que en aquests punts s'hagin trobat fragments de cadenetes rígidament adherides a la placa i que podien haver servit per penjar-hi del braç horitzontal les lletres apocalíptiques, alfa i omega, tal i com s'acostumava a fer. Aquest tipus de creus eren utilitzades com a element de suspensió d'un altre objecte litúrgic, normalment un lampadari o un encenser. La troballa de creus similars en la forma i en les mides és un fenomen més o menys freqüent en les excavacions d'esglésies paleocristianes o visigòtiques, però s'ha de dir que totes les que fins ara coneixem, tant a la península Ibèrica com a les illes Balears, són de bronze i no de ferro (CABALLERO; GALERA; GARRALDA 1992 i LLOBREGAT 1992). Malgrat això no creiem que la diferència en el material comporti cap exclusió sobre la funció abans apuntada, ni menys la cronològica. La majoria de creus han estat datades en el segle VI. Els exemples més propers pel que fa a la geografia són els del Bovalar (Serós, Lleida) (PALOL 1990), Tarragona (DEL AMO 1994) i la Illeta de Cullera (València) (LLOBREGAT 1992).
L'àmbit del cor i l'estructura d'accés són identificables fonamentalment per l'empremta que ha deixat en el paviment d'opus signinum bastit en aquell moment, tal i com es pot observar als plànols i a les fotografies. L'espai que defineix es distancia 2,5 m. de l'arc triomfal de l'absis i té una amplada d'uns 3,2 m. Malauradament la confluència en aquest punt de diverses intervencions (superposició d'estructures, construcció d'una sitja altmedieval, fonamentació de l'església romànica i excavació del segle XIX) fan molt difícil aconseguir una visió completa.
Cal assenyalar que la resta de la nau presenta també nombroses intrusions que han afectat la conservació del paviment d'opus signinum: construcció de sitges medievals, superposició d'estructures, excavació de tombes de diverses èpoques, fonamentació romànica i construcció d'un forn metal·lúrgic, previsiblement per a la fundició d'una campana en el moment de construir l'església romànica.
En el mateix moment d'aquesta reforma s'esdevé la transformació de l'altar que encara resulta un xic confusa en alguns aspectes. La base d'altar visible sobre el signinum presenta una forma rectangular allargassada, seguint l'eix de l'església. Sembla tractar-se d'una modificació de l'altar precedent que estaria sustentat al menys per quatre columnetes de marbre, de les quals se n'han recuperat dues i l'empremta d'una tercera sobre el signinum . La quarta va desaparèixer segurament en les excavacions del segle XIX.
Ignorem si aquest altar és herència o no del que estaria en relació amb el primer paviment. Sigui com sigui, presenta una fase d'ús en correspondència amb el segon paviment i una d'amortització quan aquest encara seguia en ús. Així en un moment determinat el fust de les columnetes és tallat, de manera que solament conservem els basaments, i aquests queden encastats en el paviment de signinum en dos casos. En un tercer, la columna desapareix i el forat que deixa és tapat amb morter de calç. Tot plegat ens fa pensar que l'altar tenia el seu origen en la primera fase, que s'incorpora al segon paviment, potser amb un desplaçament cap a més amunt, fet de manera matussera, que justificaria que no totes les columnes s'assentin sobre una mateixa cota i que, finalment, és desmuntat quan es dóna a l'altar la forma rectangular allargada que presenta ara, tot i la peculiaritat de la seva disposició. Cal recordar que el marbre d'aquests basaments procedeix de Luni-Carrara.
L'àmbit de ponent
Incloem en aquesta fase un procés que encara ara és conegut de manera molt parcial. Concretament es refereix a la identificació d'una porta oberta al mur dels peus de l'església i d'un àmbit que se li adossa, del que coneixem un dels murs, que li és perpendicular.
L'obertura de la porta es mostra clarament posterior a la pavimentació d'opus signinum, i per tant a l'amortització del contracor. És tracta d'una obertura d'1,35 m. d'amplada, a l'igual que la porta d'accés a l'església, i de la que s'han conservat dos carreus verticals d'uns 15 cm. de gruix i que fan la funció de muntants. La fonamentació de l'església romànica, juntament amb la presència d'algunes sitges medievals i algunes intrusions més d'excavacions del segle XIX han tallat pràcticament la relació física entre aquest portal i l'àmbit al qual sembla que donava accés.
Pel que fa al mur exterior, tallat pel fonament romànic, el coneixem en una longitud aproximada de 6 metres, el que ens indica que estem davant d'un espai de dimensions notables. El mur s'ha pogut identificar parcialment fins avui sota un d'altmedieval i en el tall d'un forat de funció i datació encara no precisada, que el posa al descobert. Aquest permet també documentar la presència d'un enterrament a l'interior de l'àmbit que defineix el mur.
Tot i la visió parcial, s'aprecia clarament la presència d'una banqueta de fonamentació sobre la que s'assenta el mur. Aquesta presenta una tècnica constructiva similar a la del mur del vestíbul, però no podem donar detalls pel que fa pròpiament al mur, llevat que el seu gruix és lleugerament inferior al dels murs de l'església i similar al del vestíbul.
Les possibilitats interpretatives que obre l'existència d'aquest àmbit als peus de l'església són múltiples, inclosa la ubicació d'un baptisteri. Així ho creu respecte del de Santa Margarida Cristina Godoy (GODOY 1995). Almenys aquesta situació es compleix en els casos propers i emblemàtics del Bovalar (Serós, Lleida), o Son Peretó (Manacor, Mallorca) (PALOL 1967, 1989; GODOY 1995). Però avui per avui no es pot anar més enllà de l'especulació hipotètica, que solament es pot resoldre amb el progrés de l'excavació. Sigui com sigui és clar que el conjunt presenta una major complexitat que la que es podia interpretar fins fa un temps.
Noves modificacions a l'interior de l'església
La zona de l'absis i la que ocupava el cor experimentarà encara algunes altres transformacions puntuals que és difícil de vincular cronològicament a les transformacions posteriors que comentarem. Una de les modificacions observades i que, com hem dit, se circumscriu de forma exclusiva a l'absis, és l'elevació del nivell del paviment i la creació d'un accés mitjançant un esglaonat. De ben segur aquest canvi comporta una nova transformació de l'altar, però la intrusió d'una tomba posterior al segle XVI just a sobre impossibilita qualsevol anàlisi més detallada. Els materials del rebliment no permeten una datació precisa per aquesta obra, que si be havia estat interpretada com a preromànica per Xavier Barral fa uns quants anys (BARRAL 1981, p. 243), no sembla potser massa viable ara un cop vista l'evolució en l'àmbit de la nau.
És en aquesta on es produeix una de les transformacions que ara per ara resulten de més difícil interpretació. Just seguint l'eix de la nau s'implanten tres estructures quadrangulars, totalment exemptes, d'entre 1 i 1,2 m. de costat i separades 1,6 m. entre elles, a més d'una de menor i d'uns 0,5 m. de costat, adossada al mur dels peus de l'església. L'estructura situada a l'est s'assenta sobre el paviment d'opus signinum, mentre que les altres el perforen parcialment, tot i que fins a una cota poc profunda i que potser arriba en algun cas al nivell del primer paviment.
Estan construïdes amb diferents materials, segurament reutilitzats, en especial els carreus que formen algunes de les cantonades, alhora que en algunes s'aprecien indicis d'arrebossat. Les pedres estan collades amb morter de calç. La situada contra el mur mostra una ampliació feta amb petites pedres, definint una mena de mur a banda i banda del carreu central, mentre que l'estructura situada al centre de la nau presenta també una construcció que l'envolta, a manera d'ampliació o de banc. Finalment i entre l'estructura situada més a l'est i el mur lateral nord de l'església trobem un mur de tancament, força irregular per la cara est.
La funcionalitat d'aquestes estructures no s'ha pogut interpretar. Hi cap la possibilitat que s'introdueixin com a element de sustentació d'un embigat molt malmès? La regularitat de la seva distribució ho pot fer pensar i potser la invasió de la nau en detriment de la visió de l'absis no era percebuda com una cosa tant estranya com ens pot semblar avui.