Des de bon començament la recerca a Santa Margarida el rigor metodològic, la innovació i la incorporació de noves tecnologies aplicades a la investigació arqueològica han estat una constant de l'equip investigador.
El moment d'inici dels treballs a Santa Margarida va coincidir en el temps també amb el d'importants innovacions en el camp de la metodologia arqueològica tant pel que fa al treball de camp com als sistemes de registre, especialment a partir de les propostes d'Eduard C. Harris i Andrea Carandini.
El treball de camp a Santa Margarida s'ha desenvolupat d'acord amb aquesta metodologia, alhora que des del Centre d'Estudis Martorellencs s'ha treballat de forma constant i intensa en la creació d'eines informàtiques pel registre i la gestió de la informació arqueològica tant durant el treball de camp com posteriorment en el laboratori.
A Santa Margarida s'utilitza des de 1987 un sistema informàtic que permet la gestió completa de l'activitat de recerca i d'administració del projecte, que des de 1991 es combina amb la utilització d'un sistema d'informació geogràfica, havent estat un dels equips capdavanters en l'aplicació d'aquest tipus d'eines informàtiques a la recerca arqueològica. Les solucions informàtiques aplicades a Santa Margarida formen part avui de l'experiència de base del projecte SigArq.
La utilització de nous sistemes de prospecció arqueològica també és un dels punts on el jaciment de Santa Margarida ha estat pioner, amb la realització de prospeccions geoelèctriques des de 1986 i mitjançant georadar posteriorment. D'aquestes experiències han sorgit iniciatives empresarials com la de SOT Prospecció arqueològica, amb la que l'equip de recerca de Santa Margarida manté una estreta col·laboració.
A partir de 2008 s'ha incorporat l'ús de nous instruments de topografia i dibuix que permeten l'optimització del treball de camp i de laboratori: ús d'estació total, incorporació de fotogrametria terrestre i, més recentment, d'escàner tàctil pel dibuix de materials arqueològics.
Imatges de diverses tasques durant el procés d'excavació i d'una sessió formativa pels participants, impartida durant una de les campanyes anuals que es realitzen a l'estiu.
(Fotografies: Arxiu del CEM)
Aquest plantejament ha permès que el jaciment sigui alhora un centre de formació pel que han passat des de 1981 més de dos centenars d'estudiants d'arqueologia que han tingut així l'oportunitat de realitzar pràctiques en el treball de camp i conèixer de primera mà les innovacions metodològiques i tecnològiques aplicades a l'arqueologia.