[Contingut en procés de revisió]
La necròpolis tardoantiga de Santa Margarida es forma de ben segur a partir del mateix moment de la construcció de l'església, tot i que és difícil determinar la relació temporal absoluta entre l'església i les tombes.
Fins ara només hem detectat una tomba (T64) a l'interior de l'església, situada a la cambra septentrional. Es tracta d'una cista de tegulae per a una inhumació d'una persona adulta, molt destruïda per la fonamentació de l'església romànica.
A l'interior del vestíbul, amb una clara funció funerària, hem localitzat nombroses tombes entre les que podem destacar la T16, la T66 i la T214 (amb fosa excavada a l'argila i coberta de tegulae de doble vessant, emplenada de terra); T49 i T50 (amb fossa excavada a l'argila, coberta de tegulae a doble vessant i emplenada de morter, formant túmul o estructura d'obra); i la T191 (amb fossa rectangular construïda amb morter i còdols, amb coberta de lloses de gres, formant un vas de mida superior a la resta). Va ser molt malmesa per les excavacions del segle XIX.
A l'exterior del vestíbul podem destacar les tombes T40, T54, T60, T75, T141 i restes de la T207 (fossa excavada a l'argila i coberta de tegulae); la T138 (amb cista amb coberta de tegulae de doble vessant i damunt un paviment d'opus signinum).
Cal destacar que damunt les teules ímbrex de la coberta de la tomba T40 va aparèixer una moneda de Constanci II, de valor nominal AE3, del tipus FEL(TEMP REPARATIO), datada entre el 350-360, que segons els estudis sobre la circulació d'aquest valor nominal a la ciutat de Barcino, basats en estratigrafíes arqueològiques, es considera amb una cronologia de finals del segle V o primera meitat del VI. D'altra banda, a l'est del vestíbul i fora del seu àmbit s'ha excavat una tomba d'adult on s'aprecia clarament la reutilització d'un enterrament anterior (T60 i T75) del que s'han preservat els ossos.
La necròpoli d'aquest període va més enllà del vestíbul i de la capçalera de l'església, ja que hem trobat tombes fins a gairebé 15 metres de distància cap al sud.
La T177 és una doble cista superposada, cadascuna de diferents materials, que es manifesta a l'exterior en tot el seu perímetre. A cada cista li correspon una coberta de lloses, destacant la superior pel morter molt dur, amb que va ser precintada. Entremig destaca un nivell de pedres petites irregulars i a la base un llit de lloses. Es tracta en definitiva de quatre nivells de pedra alternats amb tres estrats de terra, que en total sumen un metre de potència.
La T178 presenta una llosa de gres monolítica en superfície, amb un capçal que sobresurt lleugerament del nivell del sòl, segurament amb finalitats de senyalització, una gran i profunda fossa que acull una coberta de lloses a doble vessant.
Ambdues tombes, en disposició paral·lela, han aparegut sota un gran estrat de terra i cendra, amb abundants restes de materials constructius, fragments de marbre treballats, corresponents segurament al mobiliari litúrgic de l'església paleocristiana. Així mateix, al mateix nivell, s'han localitzat restes d'argamassa d'un possible paviment que posen de manifest una via de circulació nord-sud que es dirigeix al vestíbul i a la porta paleocristiana i que sembla l'element ordenador de l'espai de necròpolis si observem la presència al costat oest de les tombes T177, T178, T138, T141 i T144 i a l'est, de les tombes T58, T50 i T49.
En els últims anys s'ha trobat un adult dins el rebliment d'una sitja (UE III.2025) que afecta a la tomba de tegulae T214 (a l'interior del vestíbul) i també restes d'una altra tomba de tegulae (T207) destruïda per un altre sitja, situada entre les tombes T138 i T178. Aquestes sitges, a causa del nivell en què es troben, ens plantegen algunes qüestions pel que fa a la seva cronologia que en posteriors intervencions esperem poder resoldre.
D'altra banda, al nord de l'església s'ha localitzat una estructura molt arrasada i de caràcter clarament funerari. Aquestes restes es troben al fons d'una rasa d'1,30 x 3,5 m. emplenada de pedres, ossos humans solts i morter desfet que ens indica la destrucció provocada molt probablement també per les excavacions del segle XIX. Sembla que es tracta de les restes d'un túmul pla, del tipus que s'ha documentat en diversos indrets, des del nord d'Àfrica a Tarragona, i datats dins el segle Vè. Es planteja però en relació a aquesta estructura si alguns dels carreus de pedra de Montjuïc i de grans proporcions que apareixen reutilitzats en l'obra romànica hi poden pertànyer i formar part d'una sobreestructura, ja que no semblen encaixar plenament en els espais espoliats de les cantonades de l'església paleocristiana.