Pusat Ibadah: Fungsi utamanya adalah sebagai tempat pelaksanaan salat lima waktu, salat Jumat, salat Idul Fitri, dan Idul Adha bagi masyarakat Lamongan.

Pusat Syiar Islam: Masjid ini aktif menyelenggarakan berbagai kegiatan keagamaan seperti pengajian rutin, kajian Islam, ceramah umum, dan peringatan hari-hari besar Islam.

Pusat Pendidikan dan Dakwah: Seringkali, masjid ini juga menjadi tempat pembelajaran Al-Qur'an dan ilmu agama, serta forum diskusi bagi para ulama dan santri.

Simbol Persatuan: Keberadaan Masjid Agung di jantung kota menjadikannya simbol persatuan umat Islam di Lamongan, tempat di mana berbagai lapisan masyarakat berkumpul dalam ikatan keimanan.

Destinasi Wisata Religi: Bagi sebagian peziarah atau wisatawan yang berkunjung ke Lamongan, Masjid Agung juga menjadi salah satu tujuan untuk mengagumi arsitektur dan merasakan atmosfer spiritualnya.

Sarana Ibadah: Masjid Agung Lamongan memiliki ruang salat yang luas dan nyaman untuk menampung banyak jamaah, serta dilengkapi dengan sistem suara dan multimedia yang baik.

Perpustakaan: Terdapat perpustakaan yang menyediakan berbagai koleksi buku dan literatur keagamaan bagi mereka yang ingin memperdalam ilmu Islam.

Fasilitas Umum: Masjid ini menyediakan fasilitas dasar yang lengkap, seperti tempat wudhu dan toilet/WC yang terawat. Ada juga tempat penitipan sepatu/sandal untuk menjaga kerapian.

Ruang Serbaguna: Tersedia aula serbaguna yang dapat digunakan untuk berbagai acara, termasuk pertemuan, kajian, atau kegiatan lain.

Koperasi dan Poliklinik: Untuk mendukung kegiatan sosial dan ekonomi, masjid ini memiliki koperasi serta poliklinik yang memberikan layanan kesehatan dasar.

Perkantoran: Terdapat kantor sekretariat yang mengelola kegiatan masjid sehari-hari, serta ruang belajar untuk Taman Pendidikan Al-Qur'an (TPA) atau madrasah.