Daya tarik utama Makam Sendang Duwur terletak pada arsitektur kompleksnya yang sangat khas dan berbeda. Masjid dan makam di sini menunjukkan perpaduan gaya yang harmonis antara unsur pra-Islam (Hindu-Buddha) dengan sentuhan Islam, yang mencerminkan kebijaksanaan dakwah pada masa itu:

• Gapura Masjid dan Makam: Gerbang masuk kompleks makam ini adalah sebuah gapura paduraksa yang megah, mengingatkan pada candi-candi di Jawa. Ukiran-ukiran pada gapura menampilkan motif flora, fauna, dan makhluk mitologi yang sering ditemui pada bangunan Hindu-Buddha, namun telah disisipi dengan kaligrafi Arab yang indah. Ini adalah contoh nyata akulturasi budaya yang brilian dalam penyebaran Islam

• Masjid Sendang Duwur: Masjid ini memiliki bentuk yang unik dengan atap bertingkat tiga, menyerupai pagoda atau meru pada arsitektur Hindu-Buddha, namun dengan ciri khas masjid seperti kubah kecil di puncaknya (meskipun tidak seperti kubah masjid modern). Dinding masjid terbuat dari susunan bata merah kuno, memberikan kesan kokoh dan berusia. Keberadaan tiang-tiang penyangga (soko guru) yang besar juga menjadi ciri khas bangunan kuno

• Makam Sunan Sendang Duwur: Nisan makam Sunan Sendang Duwur berada di dalam cungkup yang dilindungi. Batu nisan yang digunakan memiliki bentuk yang khas, dengan ukiran-ukiran kaligrafi dan ornamen floral yang halus. Desain makam secara keseluruhan mencerminkan keagungan tokoh yang dimakamkan di dalamnya

• Ukiran dan Relief: Hampir di seluruh kompleks, terutama pada gapura dan dinding masjid, kita dapat menemukan berbagai ukiran dan relief yang artistik. Ukiran ini tidak hanya berfungsi sebagai hiasan, tetapi juga mengandung makna filosofis dan pesan dakwah yang tersembunyi.