Les conséquences de mutations apparues dans la nature
TP 5 :
Lors du TP on a ensemencé des boîtes de pétri avec des levures ADE 2 de couleur rouge, unicellulaires, qu’on ne voyait pas à l’œil nu. Certaines boîtes ont subi un rayonnement UV. On attend sept jours plus tard et on observe, dans les boites, les différentes colonies formées.
Dans la boîte qui n’a pas été sous UV la plupart des colonies sont rouges.
Plus on augmente la durée d’exposition aux UV = moins de colonies et plus la proportion de colonies blanches est importante.
La levure ADE2 est de couleur rouge car elle est capable de synthétiser un pigment AIR. La synthèse de ce pigment est permise par une série de nombreuses réactions faisant intervenir des enzymes. Si l’une des enzymes de cette chaîne ne fonctionne pas alors la levure reste blanche :
Comparaison avec anagène des séquences d'un allèle codant pour une des enzymes de cette chaîne de réactions :
C’est bien une mutation qui entraîne le changement de couleur de la levure.
Les UV sont donc des agents qui augmentent la quantité de mutations.
Les mutations apparaissent suite à des erreurs de réplication : lors de la réplication de l’ADN en phase S, les ADN polymérases ajoutent 6,4 milliards de nucléotides (ensemble des paires de nucléotides dans une cellule humaine) en respectant la complémentarité des bases azotées. Ce mécanisme n’est pas infaillible et des erreurs peuvent apparaître.
Ainsi suite à l’enchaînement des cycles cellulaires certaines cellules vont acquérir des mutations : leur ADN sera légèrement différent de celui de la cellule dont elles sont issues par mitose.
On parle de mutations ponctuelles quand elles touchent une seule base de l’ADN.
Il en existe 3 types :
‐ les substitutions, où la base est remplacée par une autre.
‐ les additions, où une base est ajoutée dans la séquence d’ADN.
‐ les délétions où l’on observe la disparition d’une base.
Doc a p.66 lors de la réplication de l’ADN par une technique de PCR on s’aperçoit qu’il y a toujours des copies légèrement différentes de l’ADN initial. Une mutation est donc un phénomène rare, spontané et aléatoire.
Les agents mutagènes (agents physiques ou chimiques présents dans un environnement) augmentent la fréquence d’apparition des mutations (c’est le cas des UV, des rayons X par exemple).
Quand on compare le taux de nucléotides mutés lors d’une PCR* (voir exposé d'Amaël) on s’aperçoit qu’il est inférieur au taux de nucléotides réellement muté. Un système de réparation existe.
Chez certains individus, comme c’est le cas chez les personnes atteintes du syndrome de Bloom, ce système de réparation ne fonctionne pas et le taux de mutation est alors beaucoup plus important.
Des enzymes sont capables de réparer ces erreurs de réplication mais ne sont pas totalement fiables et des erreurs perdurent : elles deviennent des mutations.
A retenir :
Des erreurs d’appariement des nucléotides peuvent apparaître lors de la réplication : l’ADN polymérase n’est pas infaillible et peut se tromper. Cela entraîne l’apparition d’une mutation. En dehors de la réplication, certaines bases azotées se transforment naturellement en d’autres bases. Ceci crée également des mutations.
On parle de mutations ponctuelles quand elles touchent une seule base de l’ADN.
Il en existe 3 types :
‐ les substitutions, où la base est remplacée par une autre.
‐ les additions, où une base est ajoutée dans la séquence d’ADN.
‐ les délétions où l’on observe la disparition d’une base.
Des expériences de PCR (cf exposé) montrent que ces mutations apparaissent de façon rare, spontanée et aléatoire.
Cependant, lorsqu’on expose des cellules sous un rayonnement UV on s’aperçoit que le taux de mutation augmente. Tout comme la radioactivité ou certaines substances chimiques, les UV sont donc des agents mutagènes : ils provoquent des mutations.
Le taux de mutation réellement mesuré est différent de celui qu’on obtient en laboratoire. La cellule possède un système de réparation. Ce sont des enzymes capables de repérer une erreur, de sectionner la portion anormale et de la réparer. Ce système de réparation n’étant lui-même pas totalement fiable des mutations peuvent persister.
Que se passe-t-il si le système de réparation des mutations ne fonctionne pas ?
Si une mutation survient dans une cellule germinale* ce sont alors les cellules reproductrices qui porteront la mutation, celle-ci sera alors transmise à la descendance.
- La mutation sera dite neutre si elle n’apporte aucun avantage à l’individu qui la porte. Dans ce cas la mutation participe à l’augmentation de la diversité génétique au sein d’une espèce. Elle est conservée et se développe par dérive génétique. C’est le cas de la mutation à l’origine des différents groupes sanguins.
- La mutation sera délétère si elle entraîne l’apparition d’une maladie génétique. La mutation a alors tendance à disparaître dans les générations futures car les individus malades se reproduisent moins. C’est le cas d’une mutation du gène CFTR qui entraîne l’apparition de la mucoviscidose.
- La mutation sera avantageuse si elle apporte un avantage sélectif à l’individu qui la possède. Dans ce cas l’allèle sera transmis aux générations futures. C’est le cas de la lactase, cette enzyme permet la digestion du lactose, dans un environnement d’élevage l’individu porteur de cette mutation aura donc un avantage.
Lorsqu’une mutation apparaît dans une cellule somatique* et qu’elle n’est pas réparée ce sont toutes les cellules issues de cette cellule-mère (on appelle ces cellules des clones) qui contiennent une mutation. Ce clone présente des caractères différents de ceux du tissu d’origine. Si de telles mutations surviennent dans des cellules d’un organisme elles ne sont pas transmises à la descendance de cet organisme.
Cependant les conséquences des mutations sur les cellules somatiques peuvent être graves dans un cas en particulier : quand elle touche la régulation du cycle cellulaire. En effet, un système de protéines régule le cycle cellulaire. Si l’ADN est endommagé et non réparé le cycle cellulaire est stoppé par la protéine p53. Le cycle ne reprendra que si l’ADN est réparé, si la réparation est impossible la mort de la cellule (l’apoptose) est déclenchée. En cas de mutations sur le gène p53 le cycle cellulaire n’est plus contrôlé et les cellules se divisent de manière anarchique : elles deviennent cancéreuses.
Rôle de la protéine P53 :
Un antibiotique imprègne un disque de papier ou est déposé dans un trou réalisé dans la gélose. Sur la gélose une culture bactérienne est présente (ici en rose). L'antibiotique migre dans la gélose créant ainsi une zone circulaire imbibée d'antibiotique. En fonction de la sensibilité du micro-organisme vis-à-vis de l'antibiotique, apparaît autour du disque, une zone d'inhibition plus ou moins large où la croissance bactérienne est stoppée.
L'antibiogramme permet de déterminer la sensibilité d'un antibiotique vis à vis d'un antibiotique pour utiliser l'antibiotique le plus efficace.
Ici la bactérie est résistante aux antibiotiques Nougatynine et Bécacyne.
Un article récent traitant de cette problématique :
Ce qu’il faut retenir :
Lorsqu’une mutation se produit chez un organisme unicellulaire elle est transmise à toute la descendance. Deux cas se présentent :
- Si la mutation est défavorable dans l’environnement de la cellule : la lignée de cellules issue de la cellule mutée va disparaître.
- Si la mutation est défavorable dans l’environnement de la cellule la lignée de cellules issue de la cellule mutée va se multiplier. C’est ce qui se passe pour les bactéries qui ont acquis par mutation une résistance aux antibiotiques. En cas de traitement antibiotique les bactéries résistantes ne se développent, donnant ainsi naissance à toute une lignée de bactéries résistantes.
L’utilisation trop importante en santé humaine et dans les élevages a conduit à sélectionner des bactéries résistantes aux antibiotiques. Certaines bactéries sont même résistantes à plusieurs antibiotiques. Cela constitue un problème de santé publique car certaines bactéries ne peuvent plus aujourd’hui être combattues par les antibiotiques connues. Une utilisation plus raisonnée et plus responsable des antibiotiques est donc nécessaire.
Act 6
TP 8
Les études épidémiologiques montrent que les cancers ont une origine multifactorielle, contrairement aux maladies génétiques :
- Il existe des gènes de prédisposition pour certains cancers, ils sont responsables d’une augmentation du risque de développer un cancer. Posséder des allèles mutés pour ces gènes ne veut pas dire développer systématiquement un cancer.
- Les facteurs de l’environnement et du mode de vie ont aussi une influence sur l’apparition des cancers. En effet un manque d’activité physique, une alimentation déséquilibrée, le tabac ou encore l’alcool augmentent la survenue des cancers. Limiter l’exposition des individus à ces facteurs permet donc de diminuer le risque d’avoir un cancer.
On retrace l’évolution humaine à partir des fossiles
Ceux-ci montrent que :
* Tous les plus anciens fossiles d'hominidés ont été retrouvés en Afrique.
* Les premières sorties d'Afrique ( aux alentours de -2 millions d'années).
* Homo sapiens est apparue il y a 200 000 ans en Afrique et Homo sapiens retrouvés hors du continent africain sont datés de - 100 000 ans.
On peut retracer l’histoire de l’évolution humaine à partir de l’ADN
La technique de séquençage selon la méthode de Sanger
Les techniques de séquençage utilisent des enzymes : les ADN polymérases. Ces enzymes sont capables de synthétiser un brin complémentaire d’ADN, à partir d’un brin matrice.
Les molécules nécessaires au séquençage :
· l'ADN provient des organismes dont on souhaite séquencer le génome. L'ADN, le plus souvent sous la forme double-brin, est dénaturé (par la chaleur) afin de séparer les deux brins. Celui qui sera séquencé s'appelle le brin « matrice » ;
· les nucléotides classiques
· les didésoxynucléotides (ddNTP) sont des nucléotides capables de se lier aux nucléotides du brin d’ADN mais qui ne peuvent se lier au nucléotide suivant. Leur incorporation dans une chaîne d'ADN interrompt définitivement la synthèse de l'ADN.
· une amorce est un brin d'ADN très court (une vingtaine de nucléotide), qui peut s'hybrider à une séquence complémentaire spécifique ;
· l'ADN polymérase est une enzyme qui a pour rôle de copier l'ADN, en synthétisant un brin complémentaire au brin matrice. L'ADN polymérase ne fonctionne qu'en ajoutant des nucléotides à une amorce déjà présente, en fonction de la succession de nucléotides du brin matrice (un A est toujours positionné en face d'un T et un C toujours en face d'un G).
Procédé :
L’ADN polymérase synthétise le brin complémentaire de l’ADN à séquencer.
Dans un tube à essai se trouvent des nucléotides en grand nombre, et une faible proportion d’un ddNTP (à Adénine, ou Guanine, ou Thymine, ou Cytosine). A un moment totalement aléatoire, un ddNTP sera ajouté à la chaîne en cours de synthèse, par l’ADN polymérase. Cette synthèse s’arrêtera donc à cet endroit.
Par exemple, si le milieu réactionnel contient une faible proportion de didésoxyribonucléotide à Guanine (ddGTP), on obtiendra, à la fin des réactions, un ensemble de brins d’ADN de tailles variées, selon l’endroit où un ddGTP se sera inséré et que la réaction d’élongation aura ainsi été stoppée (ce qui correspond, du fait de la complémentarité des bases, à la présence d’une Cytosine dans le brin d’ADN séquencé). On répète la même opération avec un milieu contenant du ddATP, un milieu contenant du ddCTP, et un milieu contenant du ddTTP.
Utilisation d'un didésoxyribonucléotide, le ddGTP, dans le séquençage de l'ADN
Il ne reste plus qu’à « lire » la séquence : on utilise la technique d'électrophorèse.
Exposé électrophorèse
Le principe consiste à soumettre un mélange de molécules à un champ électrique ce qui entraîne la migration des molécules chargées. En fonction de différents paramètres (charge, masse, forme, nature du support, conditions physico-chimiques) la vitesse de migration va être variable, ce qui permet la séparation des différentes molécules. Pour la séparation des molécules d’ADN le principe est simple : plus la séquence de nucléotides est courte et plus elle migrera. Afin de lire les quatre nucléotides de l’ADN, on fait migrer séparément les fragments issus des quatre mélanges réactionnels (à ddATP, à ddCTP, à ddGTP et à ddTTP).
Vrai résultat obtenu
Lecture du résultat du séquençage par électrophorèse
La très grande majorité des séquences réalisées et publiées aujourd’hui sont réalisées sur des séquenceurs automatiques. Ceux-ci sont capables de réaliser les réactions de séquence, puis de les lire.
Quand Homo sapiens (c'est à dire, nous !) est sorti d'Afrique, il y a environ 100 000 ans, l'Eurasie était déjà peuplée par des hommes d'une autre espèce : les Hommes de Néandertal. Les fossiles ont montré que les 2 espèces sont différentes et que Homo neanderthalensis a disparu vers - 30 000 ans.
Crâne d'Homo sapiens à gauche et de Néandertal à droite
D'autres os ont été retrouvés dans la grotte de Denisova en Sibérie en 2008 sans en connaître l'origine (Néandertal ou humain moderne).
Phalange retrouvée dans la grotte de Denisova, Russie, 2008
Correction
L'extraction de l'ADN des fossiles a été réalisée par Svante Paabo. Cet ADN a été séquencé ...et surprise ! Les os retrouvés dans la grotte de Denisova n'appartiennent ni à Homo sapiens ni aux néandertaliens.
Le séquençage de l'ADN fossile a permis de trouver une 3ème espèce d'Homme vivant en même temps que Homo sapiens et Néandertal : l'Homme de Denisova.
L'analyse du génome actuel de l'homme moderne montre également que l'Homme sorti d'Afrique il y a 100 000 ans s'est hybridé avec Neandertal. La population eurasiatique actuelle en porte la trace dans le génome.
Et les découvertes ne s'arrêtent pas là ! Des études montrent que les hommes d'Asie de l'Est et de l'Océanie possèdent des traces dans leur génome de l'Homme de Denisova...il y a donc eu hybridation entre les homo sapiens de l'Est de l'Asie avec les hommes de Denisova.
Et cerise sur le gâteau ! L'ADN d'un os long de 2 cm a été séquencé : il appartient à un fossile appelé Denny. Le génome de cet individu montre qu'il est issu d'une mère néandertalienne et d'un père dénisovien !
De quoi remettre en question la notion d'espèce et la question de nos origines !
TP 9
Des analyses du génome des tibétains montrent que ceux-ci possèdent un allèle particulier pour le gène HASP1. Ce gène est impliqué dans la synthèse de l'hémoglobine, molécule du sang qui transporte le dioxygène. L'allèle des tibétains est absolument identique à celui de Dénisova. Les tibétains portent donc la trace dans leur génome d'une hybridation passée entre Homo sapiens et l'homme de Denisova. En altitude, le dioxygène étant rare, les individus développent une polyglobulie dont les conséquences peuvent être graves (AVC, oedème pulmonaire...) Les tibétains porteurs de cet allèle ne développent pas de polyglobulie tout en étant capable de vivre en altitude. L'allèle issu de Dénisova a donc été conservé au cours du temps car il apportait un avantage aux individus vivants en altitude.
Ce que je retiens :
En analysant la diversité des allèles chez les humains on voit qu’elle est beaucoup plus forte en Afrique que dans le reste du monde. Cela confirme l’origine africaine d’Homo sapiens, en effet, lors d’une migration, les individus partant de la population d’origine sont peu nombreux et représentent une faible proportion de la diversité génétique initiale. Après quelques générations, cette sous-population présente un faible nombre d’allèles différents pour ses gènes. La diminution de la diversité génétique constatée dans les populations humaines lorsque l’on s’éloigne de l’Afrique confirme l’hypothèse de l’origine africaine de l’humanité.
Les mutations se produisent de façon aléatoire. Cependant, si mutation apporte un avantage à ceux qui les détiennent, sa fréquence dans la population augmente de génération en génération : c’est le processus de sélection naturelle. Être capable de produire de la lactase à l’âge adulte est un exemple de sélection d’un allèle porté par 30 % de l’humanité. Cette enzyme permet de digérer le lait. Les individus qui continuent de produire de la lactase à l’âge adulte bénéficiaient d’une ressource alimentaire supplémentaire par rapport aux autres individus. En Europe, les premières traces de cette mutation remonte au Néolithique, après l’introduction de l’agriculture, en lien avec la pratique de l’élevage. Les individus porteurs de cette résistance avaient un avantage et se sont mieux reproduits.
D’autres exemples ont été identifiés en lien avec l’adaptation à l’environnement : c’est le cas de l’adaptation à l’altitude. Il a été démontré, en comparant les allèles responsables de l’adaptation à l’altitude dans la population tibétaine avec celle des dénisoviens, que ces allèles sont identiques. Il est probable que les hybridations avec les populations dénisoviens ont enrichi les génomes des humains modernes migrant hors d’Afrique en apportant des allèles favorables à leur survie dans ce nouvel environnement.
Le cours en format imprimable :