土壤生成五大因子中，生物便占居其中一項重要因子，其影響到土壤的種種化育作用，以及理化性質。土壤生物的種類和多樣性很高，舉凡從穴居或暫時穴居型的動物、植物的根系、細菌、放射菌、真菌、原生動物、病毒等均包含在內，一個健康的土壤，其必定有較高的生物多樣性與種類。

土壤中的生物功能很多，包含了生產各種的有機物，或是有機物的分解，以及諸多物理化學反應的發生均須透過生物的作用；例如蚯蚓的活動，可以翻鬆土壤、創造孔洞，並且其排泄物可以增加土壤有機物含量，並釋放出營養元素，而某些白蟻築巢的過程，會將底土帶至表層，使土壤混和，另外固氮菌的作用可以增加土壤肥力，多數細菌、真菌的活動則可以分解各種有機物質，釋放營養元素，並且形成腐植質，對改善土壤物理性質有極大幫助。此外，某些菌類的分泌物，具有醫藥或工業等應用上的價值。