ツール・リンク集
2023 11/20 更新
画像解析ソフト
ImageJの上位互換で、生命科学系の画像処理に適したパッケージを使える。
深層学習を用いて細胞のセグメンテーション（ROI検出）を行うPythonベースのツール。
深層学習を用いた動物の姿勢認識・トラッキングツール。
大規模画像データの解析用に、自分のデータにフィットしたアルゴリズムによる解析をマニュアルで行える。PythonかC++、Andoroid、JavaScriptのスキルが必要。
統計・作図関連
言わずと知れた無料統計・作図ソフトの決定版。各種解析用アルゴリズムもパッケージとして配布されている。
Rをより使いやすくするためのソフトウェア。視覚的に見やすく、直感的な操作を可能にしている。
Rの解析・作図で必要なコードを実例と共にまとめてあるサイト。初学者にもわかりやすい。
Rを用いて作製できる様々な図がコードと共に掲載されているサイト。論文用に作図する際に参考になる。
pythonにおけるライブラリで、Rのような統計解析・作図をpython上で実施できる。データ処理の量・スピードともに優れるが、pythonのスキルが必要。
各種データベース
野外昆虫由来の培養細胞バンク。
類似した構造を持つタンパク質を高速でデータベースから探すwebベースのツール。
ショウジョウバエの遺伝子について発現・機能・他の遺伝子との相関について詳しく書かれているデータべース。
ショウジョウバエの組織別single cell RNA-seqデータがWeb上で閲覧できる。
農研機構の運営するカイコの遺伝子データベースで、各遺伝子について他モデル生物のオルソログやGOターム、組織における発現量の情報が閲覧できる。
東京大学・昆虫遺伝学研究室が運営するカイコの遺伝子データベース。20系統程のカイコゲノム・RNA-seqデータの他に培養細胞や他の生物種データも取り扱っており、ChIP-seq等の実験データも掲載されている。
中国・西南大学の運営するカイコの遺伝子データベース。同大学の論文データを基に1078系統のカイコおよび4系統のクワコについてゲノム・RNA-seqデータが掲載されている。加えて、系統毎にSNPsやindelの有無、およびその頻度についてまで調べることができる。
●TUATinsecta
東京農工大学・動物生化学研究室(昆虫系)が運営する医薬品シードのデータベース。鱗翅目昆虫をはじめとして宿主植物
論文作製に便利なツール
論文の引用形式を作れるツール。
単語を検索することで英語論文から例文をピックアップする。論文調の英語を書き淀んだ際に便利。
論文の目録を作製できる。
単語で検索することで、論文を検索し要約してくれる。サーベイランスの最初の段階として有用。
言わずと知れた対話型AIツール。精度は現状いまひとつだが、論文作成時に文章作製のアドバイスをもらう、背景知識をまとめてもらう、既報の内容と重複していないか等をチェックするのには有用。解析用ツールの使用法等も検索できるものの、こちらも精度は要確認。
学習に便利なサイト
バイオインフォ学会の和文総説。特に森脇氏のAlphaFold2に関するものや松井氏の分子系統解析の総説は必読。
日本生物物理学会発行の和文論文誌。
初学者のためのアカデミックライティング説明サイト。
同じくアカデミックライティングについて説明しているサイト。
博士課程学生の生活費・研究費の支援プログラムのまとめ。奨学金や海外留学の情報のリンクもされている。
早稲田大・早水准教授のYouTube。熟練者も必見の動画。
ショウジョウバエの様々な知識についての総説がウェブ書籍としてまとまっている。
タンパク質の解析手法が多数紹介されている。
スライド作りの際、デザインの参考としてお薦め。
上記サイトの初学者版。
農研機構・孫建強氏の運営するサイト。バイオインフォマティクスの基礎を学べる。
名古屋大・上坂一馬氏の運営するサイト。多くの定番ソフトに加えて新しいツールの紹介も頻繁に行っている。
東大・生命情報解析研究室のページ。Rを用いたインフォマティクス解析の手法が多数掲載されている。コードが詳しく解説されており、わかりやすい。
JT生命誌館・昆虫食性進化研究室のサイト。transcriptomeの解析手法が細かく載っている。
バイオインフォマティクス企業アメリエフのブログ。ページ量は少ないが、プロのやり方・意見を知ることができる。
実験のプロトコルやコツが載っているサイト。プロトコルの原理を学ぶには有用。