Los campos de exterminio fueron construidos rápidamente y preparados para la llegada de los habitantes de los guetos. Los judíos que no murieron bajo la tortura y hambre de los guetos fueron deportados en vagones de carga, encerrados sin agua, ni comida, ni baños, ni ventanas, a los campos de exterminio. Los campos de exterminio se localizaban en el este de Polonia. Los más importantes fueron Auschwitz, Treblinka, Sobibor, Majdanek, Chelmo y Belzec. Eran auténticas fábricas de muerte en las que las cámaras de gas y los crematorios funcionaban continuamente.

Resistir a los nazis significaba un riesgo enorme para los que se atrevían a hacerlo. Las represalias eran tremendas. Había casos en que los nazis quemaban pueblos enteros y a sus habitantes por el crimen de esconder o apoyar a resistentes. El caso de la liquidación del pueblo Lidice en Checoslovaquia, fue la represalia ante el asesinato del SS Heydrich.

Grupos de judíos consiguieron combatir a los nazis a pesar de las desigualdades. El caso más conocido es la rebelión del gueto de Varsovia en abril de 1943. Durante las deportaciones finales del gueto, los judíos, usando explosivos primitivos que ellos mismos fabricaron y algunas armas simples de contrabando, se organizaron y pelearon contra los nazis durante más de un mes. Al final, los nazis, incapaces de capturarlos, quemaron el gueto.

Otros ejemplos de valor y resistencia incluyen la explosión del crematorio dos en Auschwitz, el intento de destruir Treblinka y el escape de Sobibor.