La bandiera intersex è stata creata da Morgan Carpenter di Intersex Human Rights Australia nel luglio 2013. L'organizzazione mirava a creare un simbolo unico, che non derivasse da bandiere esistenti e che fosse privo di rosa e blu (che tendono a essere percepiti come di genere).
Nelle parole di Carpenter, il cerchio è stato scelto perché “è ininterrotto e non ornato, simboleggia l'interezza e la completezza, e le nostre potenzialità. Stiamo ancora lottando per l'autonomia corporea e l'integrità genitale, e questo simboleggia il diritto di essere chi e come vogliamo”.