La bandiera genderqueer è stata disegnata da Marilyn Roxie ed è rilasciata con licenza Creative Commons Attribuzione 4.0 Internazionale.
Un primo disegno della bandiera è stato pubblicato nel giugno 2010, seguito da uno nel settembre 2010 che presentava strisce orizzontali lavanda, verdi e bianche.
Nel giugno 2011, l'ordine delle strisce è stato cambiato in lavanda, bianco e verde.
Lavanda: Associazioni culturali queer
Bianco: Simbolismo simile alla bandiera transgender
Verde: Inverso complementare del colore lavanda