Laurent Gautier dirige des thèses à la fois en Etudes Germaniques (section 12) et en Sciences du Langage (section 7), très souvent dans le cadre de cotutelles internationales (Allemagne, Autriche, Espagne, Roumanie). Les thèses en Etudes Germaniques sont le plus souvent inscrites dans le cadre du collège doctoral franco-allemand Dijon-Mayence labellisé par l'Université franco-allemande.
Les sujets inscrits relèvent sans exception des trois thématiques de recherche présentées ci-dessus : linguistique intégrative des discours spécialisés, pragma-sémantique cognitive, analyse de discours.
Les deux pages ci-dessous listes les thèses déjà soutenues et les thèses en cours.