A cidade de Faro situa‑se no sul de Portugal, na região do Algarve, e é a capital do distrito com o mesmo nome. Geograficamente, o concelho de Faro está na parte central da costa algarvia, limitado a norte e a oeste, em grande parte, pelo concelho de Loulé, a leste por Olhão e a sul e a oeste pelo Oceano Atlântico. A cidade encontra‑se junto a uma zona de transição entre o litoral e o interior, combinando planícies litorais com algumas suaves elevações mais a norte.
Uma das características mais importantes da geografia de Faro é a Ria Formosa, um extenso sistema lagunar e de sapais que se estende desde o rio Ancão até à praia da Manta Rota, atravessando os concelhos de Loulé, Faro, Olhão, Tavira e Vila Real de Santo António. No concelho de Faro, a Ria Formosa ocupa cerca de um terço da área total e é integrada no Parque Natural da Ria Formosa, uma zona húmida de grande valor ecológico, reconhecida internacionalmente pela sua riqueza de avifauna e pelos sapais que lhe servem de habitat. A Ria é limitada a sul por um cordão de dunas e por um conjunto de ilhas‑barreira, que incluem a Península do Ancão (Praia de Faro, com ligação rodoviária à cidade), a Ilha da Culatra e do Farol, a Ilha da Barreta, também chamada Ilha Deserta, entre outras. Estas ilhas e dunas formam uma barreira natural entre a laguna interior e o Oceano Atlântico.
O concelho de Faro tem cerca de 200 km², sendo o território marcado por uma costa baixa e lineares extensas de areia dourada, com praias de génese ligada à Ria Formosa e ao mar aberto. A altitude é muito baixa, rondando os 9 metros na zona urbana, e o clima é de tipo mediterrânico, com verões quentes e secos e invernos suaves e relativamente húmidos. A rede de pequenos cursos de água, como o rio Seco e o rio Gilão, é geralmente de caudal reduzido e sazonal, refletindo a baixa pluviosidade da região.
O posicionamento de Faro, perto de vias de comunicação terrestres, aeroporto e a marina da cidade, faz dela um importante eixo de ligação entre o litoral e o interior do Algarve e entre Portugal, Espanha e o Mediterrâneo. Em termos de geografia regional, Faro marca também o ponto de encontro entre o Algarve montanhoso, mais a norte, e a costa plana e dunar do Algarve litoral, o que reforça o seu papel natural como centro de serviços, comércio, turismo e transporte no sul de Portugal.