A aplicação de pena, não poderia ser diferente, é realizada pelo sistema trifásico: indica-se a pena-base, as agravantes ou atenuantes, as causas de aumento ou diminuição de pena, e o programa informará o resultado.
Se, por exemplo, a pena ficou mais baixa do que era esperado, altere a pena-base e todo o cálculo é automaticamente refeito.
Outras informações úteis ainda podem ser obtidas neste módulo: indique a pena mínima e máxima cominada do delito, e o programa informa o termo médio, sugerindo também o peso de cada circunstância judicial.
OBS: o cálculo matemático utilizado é o seguinte: sendo todas oito circunstâncias judiciais desfavoráveis, a pena será fixada no termo médio; a diferença entre a pena mínima e o termo médio, divido por oito, resulta no peso aproximado de cada circunstância judicial. Este cálculo também é utilizado na verificação da prescrição pela pena projetada. O programa também mostra o lapso prescricional do resultado encontrado.