ここではWindows のwsl2 で分子系統解析をするために必要なソフト群を導入する手順をまとめた。ソフト紹介は別記事にまとめる。ここでは5年前に書きためた導入を単一のページにまとめている (2026/03/21)。
アライメント用にmafft 7.526 を導入
brew install mafft
モデル推定にはmodeltest-NG を使う。
$ git clone https://github.com/ddarriba/modeltest
$ mkdir build && cd build
$ cmake -DENABLE_MPI=ON ..; うまくいかなければcmake -DUSE_MPI=ON -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release ..
$ make
最適化したME 解析にveryfasttree 4.0.5
$ sudo apt-get update && sudo apt-get install build-essential; 初期導入でよくあるミス、build できない
$ git clone https://github.com/citiususc/veryfasttree.git
$ cd veryfasttree
$ mkdir build && cd build
$ cmake ..
$ sudo make install
$ VeryFastTree -h; 起動確認
sudo make install ではなく、make にするとバイナリが単体でつくられる。パスを自由に設定したい場合以下の作業を行う
$ make
$ ./VeryFastTree -h; 起動確認
$ chmod +x ~/veryfasttree/build/VeryFastTree; 権限付与
$ echo 'export PATH="$HOME/veryfasttree/build/:$PATH"' >> ~/.bashrc; ショートカット作成
$ source ~/.bashrc; 変更を反映
$ nano ~/.bashrc; veryfasttree でも起動するように設定
$ alias veryfasttree='VeryFastTree'
$ alias vft='VeryFastTree'
; Ctrl + O → Enter（保存）
; Ctrl + X（終了）
$ source ~/.bashrc; 変更を反映
ML 解析にRAxML-NG 2.0.0
$ sudo apt-get update && sudo apt-get install build-essential; 初期導入でよくあるミス、build できない
$ sudo apt-get install mpi-default-bin; 初期導入でよくあるミス、MPI にならない (2025/10/14追記)
$ sudo apt-get install mpi-default-dev; 初期導入でよくあるミス、MPI にならない (2025/10/14追記)
$ sudo apt-get install cmake
$ sudo apt-get install bison
$ sudo apt-get install flex
$ sudo apt-get install clang-tidy
$ git clone --recursive https://github.com/amkozlov/raxml-ng
$ cd raxml-ng
$ mkdir build && cd build
$ cmake -DUSE_MPI=ON ..
$ make
$ cd bin
$ ./raxml-ng-mpi
ベイズ解析用にMrBayes 3.2.7a
1．Software Package for Molecular Phylogenetic Analysis (→ https://www.fifthdimension.jp/products/molphypack/) にアクセス
2．installMolPhyPack_Debian.sh をダウンロード
3．WSL2 で以下を入力
installMolPhyPack_Debian.sh をhome にダウンロードしたことにする
MolPhyPack を導入する前にmpi-default-bin とmpi-default-dev を入れる
$sudo apt-get update
$sudo apt-get install mpi-default-bin
$sudo apt-get install mpi-default-dev
$cd /home/[User name]/
$chmod +x installMolPhyPack_Debian.sh
$./installMolPhyPack_Debian.sh
pkg-config はMolPhyPack に入っていないので自分で導入
$sudo apt-get install pkg-config
$cd /home/[User name]/
$git clone "https://github.com/NBISweden/MrBayes.git"
$cd MrBayes
$./configure --with-mpi
$sudo make install
$mpirun -np 2 mb
mafft --help
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MAFFT v7.490 (2021/Oct/30)
https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/
MBE 30:772-780 (2013), NAR 30:3059-3066 (2002)
------------------------------------------------------------------------------
コマンドヘルプが表示されたらOK
modeltest-ng -h
_ _ _ _ _ _ _____
| | | | | | | | \ | |/ ____|
_ __ ___ ___ __| | ___| | |_ ___ ___| |_ | \| | | __
| '_ ` _ \ / _ \ / _` |/ _ \ | __/ _ \/ __| __| | . ` | | |_ |
| | | | | | (_) | (_| | __/ | || __/\__ \ |_ | |\ | |__| |
|_| |_| |_|\___/ \__,_|\___|_|\__\___||___/\__| |_| \_|\_____|
--------------------------------------------------------------------------------
ModelTest-NG v0.2.0 released on 05.04.2021 by The Exelixis Lab.
Written by Diego Darriba.
Contributors: Tomas Flouri, Alexey Kozlov, Benoit Morel, David Posada,
Alexandros Stamatakis.
Latest version: https://github.com/ddarriba/modeltest
--------------------------------------------------------------------------------
コマンドヘルプが表示されたらOK
raxml-ng -h
RAxML-NG v. 2.0.0-dev released on 11.03.2026 by The Exelixis Lab.
Developed by: Oleksiy M. Kozlov and Alexandros Stamatakis.
Contributors: Diego Darriba, Tomas Flouri, Benoit Morel, Sarah Lutteropp, Ben Bettisworth,
Julia Haag, Anastasis Togkousidis, Julius Wiegert, Christoph Stelz.
Latest version: https://github.com/amkozlov/raxml-ng
Questions/problems/suggestions? Please visit: https://groups.google.com/forum/#!forum/raxml
コマンドヘルプが表示されたらOK
veryfasttree -h
VeryFastTree 4.0.5 (OpenMP)
VeryFastTree protein_alignment > tree
VeryFastTree < protein_alignment > tree
VeryFastTree -out tree protein_alignment
VeryFastTree -nt nucleotide_alignment > tree
VeryFastTree -nt -gtr < nucleotide_alignment > tree
VeryFastTree < nucleotide_alignment > tree
VeryFastTree accepts alignments in NEXUS, Fasta, Fastq or Phylip interleaved formats compressed with ZLib and libBZ2.
Usage: VeryFastTree [OPTIONS] [protein_alignment]
コマンドヘルプが表示されたらOK
mpirun -np 8 mb
MrBayes 3.2.7a x86_64
(Bayesian Analysis of Phylogeny)
(Parallel version)
(8 processors available)
Distributed under the GNU General Public License
Type "help" or "help <command>" for information
on the commands that are available.
Type "about" for authorship and general
information about the program.
※ -np の数は nruns × nchains に合わせるので、nruns=2, nchains=4 なら-np 8 が最適になる。
※(Parallel version) の表示があればOK
※q を入力後Enter を押せばbash に戻る