ここではsilicon macOS Tahoe (26.3.1) で分子系統解析をするために必要なソフト群を導入する手順をまとめた。ソフト紹介の紹介は別記事にまとめる。ここでは3年前に書いた導入 [Link] から最新版にアップデートしている (2026/03/21)。
/bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"
eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv zsh)"
アライメント用にmafft 7.526 を導入
brew install mafft
モデル推定にはmodeltest-NG を使うが、本ソフトはCMake 3.5 でmakefile が用意されている点に注意が必要。CMakeは4.0以降で<3.5 と互換性が無いため、ポリシーフラグを追加してコンパイルする。
git clone https://github.com/ddarriba/modeltest.git
cd modeltest
mkdir build && cd build
cmake \
-DENABLE_MPI=ON \
-DCMAKE_POLICY_VERSION_MINIMUM=3.5 \
..
sudo make install
最適化したME 解析にveryfasttree 4.0.5
brew install veryfasttree
ML 解析にRAxML-NG 2.0.0
brew install raxml-ng
ベイズ解析用にMrBayes 3.2.7a
brew install cmake pkg-config open-mpi beagle
git clone https://github.com/NBISweden/MrBayes.git
cd MrBayes
./configure --with-mpi
make
make install
mafft --help
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MAFFT v7.490 (2021/Oct/30)
https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/
MBE 30:772-780 (2013), NAR 30:3059-3066 (2002)
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コマンドヘルプが表示されたらOK
modeltest-ng -h
_ _ _ _ _ _ _____
| | | | | | | | \ | |/ ____|
_ __ ___ ___ __| | ___| | |_ ___ ___| |_ | \| | | __
| '_ ` _ \ / _ \ / _` |/ _ \ | __/ _ \/ __| __| | . ` | | |_ |
| | | | | | (_) | (_| | __/ | || __/\__ \ |_ | |\ | |__| |
|_| |_| |_|\___/ \__,_|\___|_|\__\___||___/\__| |_| \_|\_____|
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ModelTest-NG v0.2.0 released on 05.04.2021 by The Exelixis Lab.
Written by Diego Darriba.
Contributors: Tomas Flouri, Alexey Kozlov, Benoit Morel, David Posada,
Alexandros Stamatakis.
Latest version: https://github.com/ddarriba/modeltest
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コマンドヘルプが表示されたらOK
raxml-ng -h
RAxML-NG v. 2.0.0-dev released on 11.03.2026 by The Exelixis Lab.
Developed by: Oleksiy M. Kozlov and Alexandros Stamatakis.
Contributors: Diego Darriba, Tomas Flouri, Benoit Morel, Sarah Lutteropp, Ben Bettisworth,
Julia Haag, Anastasis Togkousidis, Julius Wiegert, Christoph Stelz.
Latest version: https://github.com/amkozlov/raxml-ng
Questions/problems/suggestions? Please visit: https://groups.google.com/forum/#!forum/raxml
コマンドヘルプが表示されたらOK
veryfasttree -h
VeryFastTree 4.0.5 (OpenMP)
VeryFastTree protein_alignment > tree
VeryFastTree < protein_alignment > tree
VeryFastTree -out tree protein_alignment
VeryFastTree -nt nucleotide_alignment > tree
VeryFastTree -nt -gtr < nucleotide_alignment > tree
VeryFastTree < nucleotide_alignment > tree
VeryFastTree accepts alignments in NEXUS, Fasta, Fastq or Phylip interleaved formats compressed with ZLib and libBZ2.
Usage: VeryFastTree [OPTIONS] [protein_alignment]
コマンドヘルプが表示されたらOK
mpirun -np 8 mb
MrBayes 3.2.7a arm
(Bayesian Analysis of Phylogeny)
(Parallel version)
(8 processors available)
Distributed under the GNU General Public License
Type "help" or "help <command>" for information
on the commands that are available.
Type "about" for authorship and general
information about the program.
※ -np の数は nruns × nchains に合わせるので、nruns=2, nchains=4 なら-np 8 が最適になる。
※(Parallel version) の表示があればOK
※q を入力後Enter を押せばbash に戻る