All’interno le navi sono coperte da capriate lignee, e sono spartite da pilastri a sezione quasi quadrata alternati a colonne. I primi esibiscono un paramento in grossi conci ben squadrati, simile a quello del vicino battistero. Le colonne sono invece di reimpiego così come i capitelli corinzi messi in opera, ad eccezione dei due di restauro più orientali. La mancanza di basi fa supporre che l’attuale pavimento sia più alto di quello originario. Un recentissimo intervento di restauro (2007-2008) ha rimesso in vista una decorazione neoromanica al di sopra dei varchi longitudinali di navata eliminando un uniforme monotono scialbo del 1938. Non resta ad ogni modo traccia di decorazione medievale ma, benché i valori architettonici della basilica risultino impoveriti dal rivestimento moderno, non si rimane insensibili di fronte alla possente muralità della nave maggiore, esaltata dai bassi varchi longitudinali e dalla ritmica pausata delle semplici monofore del cleristorio. Molto accurata appare la tessitura muraria in corsi orizzontali di pietre sbozzate a mo’ di laterizi, con risalti angolari di contenimento in grossi conci ben connessi. Alla sommità delle navatelle e del cleristorio, in cui si aprono cinque grandi monofore a doppio strombo lieve per lato, quasi tutte di ripristino, corre ininterrotta una teoria di archetti pensili, che incorniciano pietre semicircolari, anch'essi ampiamente reintegrati durante i restauri di fine Ottocento. Lo stesso motivo decorativo percorre le testate orientali delle navi, e cinge l'abside maggiore, in cui si aprono tre grosse finestre.