螢光顯微鏡是指使用螢光來產生圖像的任何顯微鏡。因此欲觀測難解讀的透明細胞，我們就可以利用螢光顯微鏡的這個特性。

要使用螢光顯微鏡觀察，首先須在最開始培養細胞時編譯一段螢光蛋白質的基因到細胞上。如此一來，當光直接打在細胞上，螢光蛋白質就會受到激發，發散出一段比激發光波長還要稍長一點的發散光，使自己從激發態回到基態，透過這個原理即可觀察到細胞了。當然，不同胞器需要用不同波長的光去激發，發散出的光波長因而也不同。