Ketua Departemen mengundang rapat kelayakan ujian tertutup, yang dihadiri oleh Ketua Program Studi Doktor, Tim Promotor, serta Tim Penilai Disertasi dan Publikasi, untuk menentukan:
a. kelayakan berkas yang akan diajukan pada Ujian Tertutup (disertasi, ringkasan dalam Bahasa Indonesia, ringkasan dalam Bahasa Inggris, tanggapan atas rekomendasi perbaikan dari Tim Penilai Disertasi dan Publikasi)
b. satu orang Penguji Eksternal Ujian Tertutup (dari Luar Universitas Gadjah Mada) sesuai dengan ketentuan yang berlaku, dan
c. waktu pelaksanaan Ujian Tertutup
Hasil rapat kelayakan ujian tertutup dilaporkan kepada Dekan untuk mendapatkan persetujuan dan/atau izin melaksanakan ujian tertutup disertai kelengkapan ujian tertutup lainnya.
Tim Penguji Ujian tertutup terdiri dari Ketua Departemen sebagai Ketua, dan sebagai anggotanya adalah Tim Promotor, Tim Penilai Disertasi dan Publikasi, Ketua Program Studi Doktor terkait dan satu penguji eksternal dari institusi/ universitas terkemuka di luar Universitas Gadjah Mada yang kepakarannya relevan dengan topik disertasi, dengan kualifikasi minimal Lektor atau yang sederajad dan berderajat Doktor sebagai anggota.
Apabila penguji eksternal bergelar Doktor dan belum memenuhi kualifikasi Lektor atau yang sederajad, maka penunjukan penguji tersebut harus melalui persetujuan Dekan atas dasar rekomendasi dari Tim Penguji Internal berdasarkan riwayat keahliannya.
Ujian Tertutup dipimpin oleh Ketua Departemen dan bergelar Profesor/Guru Besar, apabila tidak terpenuhi dapat diturunkan menjadi minimal bergelar Doktor dan Lektor Kepala. Bila jabatan Lektor Kepala tidak terpenuhi,yang memimpin Ujian akan diputuskan Dekan.
Paling lambat 10 (sepuluh) hari sebelum Ujian tertutup diselenggarakan, naskah disertasi lengkap sudah diterima oleh Tim Penguji.
Ujian tertutup dilaksanakan sekitar 150 menit, termasuk 30 menit di awal untuk penyampaian pokok-pokok disertasi oleh Kandidat Doktor.
Penilaian Ujian Tertutup sekurang-kurangnya mencakup:
a. materi disertasi, termasuk kebaruan, orisinilitas temuan, metode penelitian, dan signifikan kontribusi dalam ilmu,
b. penguasaan materi,
c. kekuatan penalaran atau cara penyusunan argumentasi dalam pengambilan kesimpulan,
d. tata tulis serta konsistensi uraiannya.
Hasil Ujian Tertutup berupa keputusan:
a. Lulus tanpa perbaikan;
b. Lulus dengan perbaikan, dengan masa perbaikan maksimal 3 (tiga) bulan terhitung sejak Ujian Tertutup, sampai perbaikannya memperoleh persetujuan tertulis dari Tim Penguji. Apabila tidak selesai, Kandidat Doktor diwajibkan menempuh Ujian Tertutup lagi;
c. Tidak lulus, dengan masa perbaikan maksimal 1 tahun terhitung sejak Ujian tertutup, dan setelah perbaikan disetujui Tim Promotor, diajukan lagi untuk menempuh Ujian Tertutup Ulangan (apabila tidak melebihi ketentuan masa studi yang telah ditetapkan). Apabila tidak lulus, Kandidat Doktor diminta untuk mengundurkan diri. Nilai ujian tidak lulus maksimum D.
Apabila ada anggota Tim Penguji terpaksa berhalangan hadir maka diharuskan tetap dijadwalkan menguji pada hari lain dengan dipimpin oleh Ketua Departemen dan didampingi anggota Tim Penguji lainnya.
Pakaian Tim Penguji dan Kandidat Doktor pada saat Ujian Tertutup adalah Pakaian Sipil Lengkap atau sekurang-kurangnya mengenakan kemeja berdasi/ baju batik lengan panjang untuk untuk laki-laki dan untuk perempuan menyesuaikan.
Setelah Ujian Tertutup dilaksanakan, Ketua Departemen mengirimkan laporan hasil ujian lengkap dengan salinan lampiran berupa berita acara, komentar saran perbaikan dan form hasil ujian dari tim penguji kepada Dekan dan ditembuskan kepada Kepala Unit Pendidikan dan Pengajaran.