1. Evaluasi studi tahap awal dilakukan di akhir tahun kedua.
2. Ujian komprehensif sebagai Evaluasi Studi Tahap Awal bagi mahasiswa Program Doktor harus ditempuh selambat-lambatnya pada akhir semester 4 (akhir tahun kedua).
3. Apabila pada akhir semester ke 4 (akhir tahun kedua), sesuai dengan kalender akademik yang berlaku, mahasiswa belum lulus ujian komprehensif, maka mahasiswa Program Doktor tersebut dinyatakan tidak mampu menyelesaikan studi dan oleh karenanya tidak diperkenankan untuk melanjutkan studi.
4. Tata cara Evaluasi Studi Tahap Awal:
a. Pada awal semester III (ketiga): Bagi mahasiswa yang belum lulus ujian komprehensif, Surat Peringatan I diberikan oleh Ketua Departemen/ Ketua Program Studi Doktor kepada mahasiswa agar mahasiswa tersebut segera melaksanakan ujian Komprehensif.
b. Pada awal semester IV (keempat): Surat Peringatan II diberikan Ketua Departemen/ Ketua Program Studi Doktor kepada mahasiswa yang belum lulus ujian komprehensif.
c. Pada pertengahan semester IV (keempat): Surat Peringatan III diberikan oleh Ketua Departemen/ Ketua Program Studi Doktor kepada mahasiswa yang belum lulus ujian komprehensif.
d. Pada akhir semester IV (keempat): Surat Permohonan Undur Diri diberikan oleh Dekan kepada mahasiswa yang tidak lulus ujian komprehensif atas usulan Ketua Departemen/ Ketua Program Studi Doktor.
e. Satu bulan setelah penerbitan Surat Perintah Undur Diri, apabila mahasiswa yang belum menyelesaikan studinya tidak menanggapi Surat Perintah Undur Diri, maka Dekan menerbitkan Surat Pernyataan Putus Studi bagi mahasiswa tersebut atas usulan dari Ketua Departemen /Ketua Program Studi Doktor dan diteruskan kepada Wakil Rektor Bidang Akademik dan Kemahasiswaan dan Direktur Pendidikan dan Pengajaran Universitas Gadjah Mada Yogyakarta untuk diproses lebih lanjut.
f. Dekan memberikan Surat Keterangan Hasil Studi kepada mahasiswa yang mengundurkan diri.