Pada akhir tahun masa studi, yaitu akhir semester VIII (kedelapan), mahasiswa pada Program Doktor dapat mengajukan Permohonan Perpanjangan masa studi.
Setiap perpanjangan masa studi hanya diberikan untuk waktu satu semester, dan dapat diberikan maksimum dua kali Tahap I dan Tahap II.
Perpanjangan studi tahap I diajukan untuk semester IX dan perpanjangan studi tahap II untuk semester X.
Syarat pengajuan permohonan perpanjangan masa studi adalah sebagai berikut:
a. Mendapatkan surat persetujuan Tim Promotor dan Ketua Program Studi Doktor terkait.
b. Menyatakan kesediaan untuk mengundurkan diri dalam surat apabila permohonan perpanjangan masa studi tidak disetujui atau apabila tidak dapat menyelesaikan studi atau tidak mencapai kemajuan studi sesuai yang disyaratkan sampai batas akhir perpanjangan studi.
c. Menyatakan kesediaan untuk memenuhi kewajiban atau syarat pendaftaran kembali sebagai mahasiswa dalam surat apabila permohonan perpanjangan masa studi disetujui.
d. Telah mencapai kemajuan studi yang baik dan dibuktikan dengan:
i. Mahasiswa Program Doktor harus sudah menempuh Seminar Hasil II dengan hasil baik (sesuai penilaian Tim Promotor, Tim Pembahas dan Pengelola Program Studi Doktor terkait) paling lambat di Semester VIII untuk perpanjangan studi Tahap I.
ii. Mahasiswa Program Doktor harus sudah masuk pada tahap akademik Penilaian Disertasi dan Publikasi pada semester IX untuk perpanjangan studi Tahap II.
Surat peringatan I, II, dan III dikeluarkan oleh Ketua Departemen/ Ketua Program Studi Doktor. Ketua Departemen/ Ketua Program Studi Doktor berperan aktif dalam mengevaluasi kemajuan studi mahasiswa Program Doktor.
Dekan dapat menyetujui atau tidak menyetujui permohonan perpanjangan masa studi dengan memperhatikan pertimbangan atau rekomendasi Ketua Departemen (yang didasarkan pada persetujuan Tim Promotor dan Ketua Program Studi Doktor).
Perpanjangan masa studi hanya untuk penyelesaian disertasi, kecuali pada kasus khusus yang mendapatkan persetujuan Ketua Program Studi Doktor (S-3).
Tata cara pengajuan permohonan perpanjangan masa studi:
a. Pada akhir semester VIII (ke delapan) masa studi (untuk perpanjangan Tahap I) atau akhir semester IX (kesembilan) masa studi (untuk perpanjangan Tahap II) dan sebelum penerbitan Surat Perintah Undur Diri, mahasiswa menyerahkan surat permohonan perpanjangan masa studi yang ditujukan kepada Dekan melalui Ketua Departemen/ Ketua Program Studi Doktor (S-3), dengan disertai bukti pemenuhan syarat pengajuan permohonan perpanjangan masa studi.
b. Ketua Departemen/ Ketua Program Studi Doktor (S-3) meneruskan surat permohonan perpanjangan masa studi tersebut pada butir (a) kepada Dekan disertai saran atau rekomendasi sebagai bahan pertimbangan keputusan Dekan terhadap permohonan perpanjangan masa studi tersebut.
c. Dekan memberikan surat jawaban terhadap permohonan perpanjangan masa studi tersebut kepada mahasiswa pemohon.
d. Dalam hal Dekan memberikan perpanjangan masa studi, maka mahasiswa segera melakukan pendaftaran ulang sebagai mahasiswa pada Program Doktor (S-3) Fakultas Teknik Universitas Gadjah Mada.
e. Dalam hal Dekan menolak untuk memberikan perpanjangan masa studi maka mahasiswa segera mengundurkan diri sebagai mahasiswa Program Doktor (S-3) Fakultas Teknik Universitas Gadjah Mada.
f. Dalam hal Dekan menolak untuk memberikan perpanjangan masa studi dan sampai sebulan setelahnya mahasiswa tidak mengundurkan diri sebagai mahasiswa Program Doktor (S-3) Fakultas Teknik Universitas Gadjah Mada, maka berdasarkan usulan dari Ketua Departemen/ Ketua Program Studi Doktor, Dekan menerbitkan dan mengirimkan Surat Putus Studi bagi mahasiswa tersebut yang diteruskan kepada Wakil Rektor Bidang Akademik dan Kemahasiswaan UGM/ Direktur Pendidikan dan Pengajaran UGM untuk diproses lebih lanjut.