几个世纪后，塔什库尔干成为位于帕米尔高原的萨勒库勒王国的首都，后来又成为波斯帝国谒盘陀的首都。城镇的东北角有一座巨大的堡垒，称为塔什库尔干堡垒，其历史可追溯至元朝（公元 1279-1368 年），也是许多丰富多彩的当地传说的主题。要塞附近有一座被毁的火神庙。公元 649 年左右，佛教僧人玄奘从巴达赫尚前往和阗途中途经塔什库尔干，宋云也在公元 500 年左右经过塔什库尔干。

二十世纪初期，当奥雷尔·斯坦因经过这座城镇时，他高兴地发现塔什库尔干与那些旅行者留下的描述相符：在讨论切盘托时，玄奘记录（塞缪尔·比尔的翻译）：“这个国家大约有200里的周长；都城依山巨岩，背靠西塔河，周约二十里。”