Структура управління закладом освіти визначається Законом України «Про освіту» та Статутом ліцею №53 Шевченківського району м. Києва.
Управління закладом освіти в межах повноважень, визначених законами та установчими документами закладу, здійснюють:
засновник – Київська міська рада та уповноважені нею органи;
керівник закладу освіти – директор;
колегіальний орган управління в закладі освіти – педагогічна рада;
колегіальний орган громадського самоврядування – загальні збори колективу, що скликаються один раз на рік; у період між зборами діє Рада школи.
органи батьківського самоврядування – загальношкільний батьківський комітет
Засновником Ліцєю є територіальна громада міста Києва, від імені якої виступає Київська міська рада (далі - Засновник), віднесений до сфери управління Шевченківської районної в місті Києві державної адміністрації, підпорядкований управлінню освіти Шевченківської районної в місті Києві державної адміністрації (далі – Орган управління) та підзвітний Департаменту освіти і науки виконавчого органу Київської міської ради (Київської міської державної адміністрації).
Засновник здійснює фінансування Ліцею, його матеріально-технічне забезпечення, надає інженерні комунікації, обладнання, організовує ремонт приміщень, їх господарське обслуговування, харчування учнів, тощо.
Ліцей за своїм статусом належить до категорії неприбуткових установ. Доходи можуть використовуватись виключно для фінансування видатків на утримання такої неприбуткової організації, реалізації мети та напрямів діяльності, визначеної її установчими документами та може бути внесене контролюючим органом до Реєстру неприбуткових установ та організацій.